探针水平RMA标准化探针与R生物导体的平均居中
我有几个来自白血病和淋巴瘤患者的微阵列数据集,我用rma探针水平RMA标准化探针与R生物导体的平均居中,r,bioconductor,R,Bioconductor,我有几个来自白血病和淋巴瘤患者的微阵列数据集,我用rmaesetNBrma数据已经是log2值。以下是指探头/行的中心 虚拟数据示例: > m=1:40 > dim(m)=c(10,4) > m [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 11 21 31 [2,] 2 12 22 32 [3,] 3 13 23 33 [4,] 4 14 24 34 [5,] 5
esetNBrma数据已经是log2值。以下是指探头/行的中心
虚拟数据示例:
> m=1:40
> dim(m)=c(10,4)
> m
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 11 21 31
[2,] 2 12 22 32
[3,] 3 13 23 33
[4,] 4 14 24 34
[5,] 5 15 25 35
[6,] 6 16 26 36
[7,] 7 17 27 37
[8,] 8 18 28 38
[9,] 9 19 29 39
[10,] 10 20 30 40
然后通过循环利用的魔力,一排一排地扩大规模
> m-rowMeans(m)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] -15 -5 5 15
[2,] -15 -5 5 15
[3,] -15 -5 5 15
[4,] -15 -5 5 15
[5,] -15 -5 5 15
[6,] -15 -5 5 15
[7,] -15 -5 5 15
[8,] -15 -5 5 15
[9,] -15 -5 5 15
[10,] -15 -5 5 15
> m-rowMeans(m)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] -15 -5 5 15
[2,] -15 -5 5 15
[3,] -15 -5 5 15
[4,] -15 -5 5 15
[5,] -15 -5 5 15
[6,] -15 -5 5 15
[7,] -15 -5 5 15
[8,] -15 -5 5 15
[9,] -15 -5 5 15
[10,] -15 -5 5 15