本地回购协议中的RStudio Connect、Packrat和定制软件包

我们最近在我的办公室安装了RStudio Connect。对于我们的工作，我们制作了定制包，我们通过打开项目和构建+重新加载来更新这些包

我知道让我们的定制软件包在使用RSConnect的应用程序中工作的唯一方法是建立本地回购协议，并将我们的

选项（回购协议）

设置为包含此内容

目前我有以下几点：

library(drat)

RepoAddress <- "C:/<RepoPath>" # High level path

drat::insertPackage(<sourcePackagePath>, repodir = RepoAddress)

# Add this new repo to Rs knowledge of repos.
options(repos = c(options("repos")$repos,LocalCurrent = paste0("file:",RepoAddress)))

# Install <PackageName> from the local repo :)
install.packages("<PackageName>")

---

我知道这是一个问题，

packrat

在部署过程中找不到我的本地repo（我相信在它使用

packrat:：snapshot（）

）的阶段）。这让人困惑，因为我本以为

packrat

会使用我的

选项（“repo”）

repo类似于

install.packages

。如果我遵循这些函数，我可以看到特定的失败点是

packrat:：：findLocalRepoForPkg（“问题在于术语

我已经建立了一个CRAN意义上的回购协议。它工作正常。当
packrat
引用
本地回购协议时，它是指本地git风格的回购协议

这就解决了为什么findlocalrepoforpkg看起来不起作用的问题——它被设计成与另一种回购协议一起工作。
请随时联系support@rstudio.com

我相信本地包代码路径是在packrat中触发的，因为包的描述文件中缺少
Repository:value
行。您提到您添加了这一行，您可以尝试区分大小写的版本吗

也就是说，RStudio Connect将无法按照您的指定从
RepoAddress
安装软件包（在Windows共享上硬编码）。我们建议通过https从您的开发环境和RStudio Connect都可以访问的服务器托管您的repo。为了使这种类型的repo设置更容易，我们刚刚发布了您（和它！）除了通过drat手动管理内部软件包的版本外，您可能会找到一个引人注目的替代方案。
您应该始终检查RStudio connect目前支持哪些选项：

就我个人而言，我不喜欢包括本地/私有软件包的所有选项，因为这会破坏部署闪亮应用程序的简单目标。在许多情况下，我不能只在组织中设置本地存储库，因为我没有权限这样做。还不方便的是，我必须通过电子邮件发送it支持来手动创建它们安装新的软件包。总的来说，我认为RS connect是一个很棒的产品，因为它很简单，但说到本地软件包，它就不是了

我找到了一个很好的替代方案/破解Rstudio官方推荐。我想这也适用于shinyapps.io，但我没有尝试。解决方案如下：

如果（！require（local_package））devtools:：load_all（“./local_package”），则添加到global.R


编写一个复制所有源文件的脚本，这样您就可以得到一个shinyapp，其中包含本地包的源目录，您可以调用
/inst/shinyconnect/
的目录，或者将本地包复制到
/inst/shinyconnect/local\u包
舱单


将script
/shinyconnect/packrat\u查看这些依赖项。R
添加到shiny文件夹，这将由packrat清单获取


黑客rsconnet/packrat在构建时忽略特定命名的包


（1）

（3）
使脚本加载本地包的所有依赖项。Packrat将看到这一点。脚本将永远不会实际执行。将其放置在
/shinyconnect/Packrat\u查看这些依赖项。R

#these codelines will be recognized by packrat and package will be added to manifest
library(randomForest)
library(MASS)
library(whateverpackageyouneed)

（4）在部署期间，清单生成器（packrat）将忽略任何命名的本地_包的存在。这是packrat中的一个选项，但rsconnect不公开此选项。一种黑客行为是将rsconnect加载到内存并修改子函数
PerformPackageSnapshot（）
允许这样做。在下面的脚本中，我这样做并部署了一个闪亮的应用程序

library(rsconnect)


orig_fun = getFromNamespace("performPackratSnapshot", pos="package:rsconnect")

#packages you want include manually, and packrat to ignore
ignored_packages = c("local_package")

#highjack rsconnect
local({
  assignInNamespace("performPackratSnapshot",value =  function (bundleDir) {
      owd <- getwd()
      on.exit(setwd(owd), add = TRUE)
      setwd(bundleDir)
      srp <- packrat::opts$snapshot.recommended.packages()
      packrat::opts$snapshot.recommended.packages(TRUE, persist = FALSE)
      packrat::opts$ignored.packages(get("ignored_packages",envir = .GlobalEnv)) #ignoreing packages mentioned here
      print("ignoring following packages")
      print(get("ignored_packages",envir = .GlobalEnv))
      on.exit(packrat::opts$snapshot.recommended.packages(srp,persist = FALSE), add = TRUE)
      packages <- c("BiocManager", "BiocInstaller")
      for (package in packages) {
        if (length(find.package(package, quiet = TRUE))) {
          requireNamespace(package, quietly = TRUE)
          break
        }
      }
      suppressMessages(packrat::.snapshotImpl(project = bundleDir,
                                              snapshot.sources = FALSE, fallback.ok = TRUE, verbose = FALSE,
                                              implicit.packrat.dependency = FALSE))
      TRUE
    },
    pos = "package:rsconnect"
  )},
envir = as.environment("package:rsconnect")
)


new_fun = getFromNamespace("performPackratSnapshot", pos="package:rsconnect")
rsconnect::deployApp(appDir="./inst/shinyconnect/",appName ="shinyapp_name",logLevel = "verbose",forceUpdate = TRUE)

库（rsconnect）
orig_fun=getFromNamespace（“PerformPackageSnapshot”，pos=“package:rsconnect”）
#您希望手动包含的包和忽略的packrat
忽略的_包=c（“本地_包”）
#highjack rsconnect
本地的({
assignInNamespace（“PerformPackageSnapshot”，值=函数（bundleDir）{
owd Hi Sean！您已经强调了我为自己创建的两个问题！第一个是我指的是我的C驱动器-我现在使用它的服务器路径将其更改为我们的网络驱动器。第二个部分是我使用了
repository:value
而不是
repository:value
。我现在遇到了一个错误，这意味着我需要我想我的RSConnect服务器能够看到我的网络驱动器，我想它会工作的。
#these codelines will be recognized by packrat and package will be added to manifest
library(randomForest)
library(MASS)
library(whateverpackageyouneed)

library(rsconnect)


orig_fun = getFromNamespace("performPackratSnapshot", pos="package:rsconnect")

#packages you want include manually, and packrat to ignore
ignored_packages = c("local_package")

#highjack rsconnect
local({
  assignInNamespace("performPackratSnapshot",value =  function (bundleDir) {
      owd <- getwd()
      on.exit(setwd(owd), add = TRUE)
      setwd(bundleDir)
      srp <- packrat::opts$snapshot.recommended.packages()
      packrat::opts$snapshot.recommended.packages(TRUE, persist = FALSE)
      packrat::opts$ignored.packages(get("ignored_packages",envir = .GlobalEnv)) #ignoreing packages mentioned here
      print("ignoring following packages")
      print(get("ignored_packages",envir = .GlobalEnv))
      on.exit(packrat::opts$snapshot.recommended.packages(srp,persist = FALSE), add = TRUE)
      packages <- c("BiocManager", "BiocInstaller")
      for (package in packages) {
        if (length(find.package(package, quiet = TRUE))) {
          requireNamespace(package, quietly = TRUE)
          break
        }
      }
      suppressMessages(packrat::.snapshotImpl(project = bundleDir,
                                              snapshot.sources = FALSE, fallback.ok = TRUE, verbose = FALSE,
                                              implicit.packrat.dependency = FALSE))
      TRUE
    },
    pos = "package:rsconnect"
  )},
envir = as.environment("package:rsconnect")
)


new_fun = getFromNamespace("performPackratSnapshot", pos="package:rsconnect")
rsconnect::deployApp(appDir="./inst/shinyconnect/",appName ="shinyapp_name",logLevel = "verbose",forceUpdate = TRUE)