R colname子矩阵

我有一个带有行和列名称的

矩阵

，并希望将其简化为

子矩阵

某些行/列名称。指定的名称位于

~20

值的字符串向量中，而矩阵具有

55.000个行名

和

805个列名

。如何在R中有效地执行此操作

IFNGenes = c('TIMM10','UBE2L6','MX1','IF16','IFI44L','IFIT3','ISG15','OAS1','RSAD2','IFI44','OAS3','DOX58','HERC5','BATF2','LIPA','RSAD2.1')

subMatrix = theMatrix[,IFNGenes]
Error in theMatrix[, IFNGenes] : subscript out of bounds

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如果我对你的问题理解正确，你正在寻找类似的东西：

x <- matrix(1:100, 10)
rownames(x) <- LETTERS[1:10]
colnames(x) <- letters[1:10]
x[c("C", "F", "A"), c("d", "b", "e")]

如果使用矩阵中不存在的行名索引（与colnames相同），则会出现错误：

> x[c("C", "F", "XX"), c(4, 2, 5)]
Error in x[c("C", "F", "XX"), c(4, 2, 5)] : subscript out of bounds

您可以找到如下标识：

r <- c("C", "F", "XX")
r[which(! r %in% rownames(x))]

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一个小的可复制的例子怎么样？我想你可以使用

行/列

索引。可能是某些基因不在colname中吗？是的，我没有意识到可以在R中混合使用整数和列/行名索引。谢谢jogo，我要的是which语句

r <- c("C", "F", "XX")
r[which(! r %in% rownames(x))]

IFNGenes[which(! IFNGenes %in% colnames(theMatrix))]