Mutate从R中的字符串中删除所有括号（和内容）
我试图使用mutate/str_replace通过删除括号（包括内容）从“类”生成“表型”，但需要一些关于正则表达式的帮助吗？ 然后，我还想对“显型”字符串中的文本进行重新排序，以便文本按PanCK>PD-L1>CD8>FoxP3>PD-1>CD68的顺序显示。 为非标准数据集道歉！ 非常感谢Mutate从R中的字符串中删除所有括号（和内容）,r,regex,stringr,mutate,R,Regex,Stringr,Mutate,我试图使用mutate/str_replace通过删除括号（包括内容）从“类”生成“表型”，但需要一些关于正则表达式的帮助吗？ 然后，我还想对“显型”字符串中的文本进行重新排序，以便文本按PanCK>PD-L1>CD8>FoxP3>PD-1>CD68的顺序显示。 为非标准数据集道歉！ 非常感谢 test<- data.frame(Class = c("FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 7
test<- data.frame(Class = c("FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 780)"
, "CD8 (Opal 480): PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780): PD-L1 (Opal 520)", "PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780)",
"FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690)"))
test这是否有效：
st <- c('PanCK','PD-L1','CD8','FoxP3','PD-1','CD68')
test %>%
mutate(Phenotype = str_remove_all(Class, '\\s\\(Opal [0-9]{3}\\)')) %>%
mutate(Phenotype = str_remove_all(Phenotype, '(\\s)')) %>%
mutate(Phenotype_Ordered = str_split(Phenotype, ':')) %>% unnest(Phenotype_Ordered) %>%
group_by(Class) %>% arrange(factor(Phenotype_Ordered, levels = st)) %>%
mutate(Phenotype_Ordered = paste(Phenotype_Ordered, collapse = ':')) %>% distinct()
# A tibble: 4 x 3
# Groups: Class [4]
Class Phenotype Phenotype_Ordered
<chr> <chr> <chr>
1 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 780) FoxP3:PanCK:PD-1:CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8 (Opal 480): PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780): PD-L1 (Opal 520) CD8:PanCK:CD68:PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780) PanCK:CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690) FoxP3:PanCK PanCK:FoxP3
st%
突变（表型=str_remove_all（类，\\\s\\（蛋白石[0-9]{3}\\））%>%
突变（表型=str_移除所有（表型，（\\s））%>%
突变（表型有序=str分裂（表型，：）%%>%unnest（表型有序）%%>%
分组依据（类别）%>%排列（因子（表型排序，等级=st））%>%
突变（表型有序=粘贴（表型有序，折叠='：'））%>%distinct（）
#一个tibble:4x3
#组别:班级[4]
类表型
1 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）：PD-1（蛋白石620）：CD68（蛋白石780）FoxP3:PanCK:PD-1:CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8（蛋白石480）：PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）：PD-L1（蛋白石520）CD8:PanCK:CD68:PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）PanCK:CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）FoxP3:PanCK PanCK:FoxP3
这是否有效：
st <- c('PanCK','PD-L1','CD8','FoxP3','PD-1','CD68')
test %>%
mutate(Phenotype = str_remove_all(Class, '\\s\\(Opal [0-9]{3}\\)')) %>%
mutate(Phenotype = str_remove_all(Phenotype, '(\\s)')) %>%
mutate(Phenotype_Ordered = str_split(Phenotype, ':')) %>% unnest(Phenotype_Ordered) %>%
group_by(Class) %>% arrange(factor(Phenotype_Ordered, levels = st)) %>%
mutate(Phenotype_Ordered = paste(Phenotype_Ordered, collapse = ':')) %>% distinct()
# A tibble: 4 x 3
# Groups: Class [4]
Class Phenotype Phenotype_Ordered
<chr> <chr> <chr>
1 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 780) FoxP3:PanCK:PD-1:CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8 (Opal 480): PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780): PD-L1 (Opal 520) CD8:PanCK:CD68:PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780) PanCK:CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690) FoxP3:PanCK PanCK:FoxP3
st%
突变（表型=str_remove_all（类，\\\s\\（蛋白石[0-9]{3}\\））%>%
突变（表型=str_移除所有（表型，（\\s））%>%
突变（表型有序=str分裂（表型，：）%%>%unnest（表型有序）%%>%
分组依据（类别）%>%排列（因子（表型排序，等级=st））%>%
突变（表型有序=粘贴（表型有序，折叠='：'））%>%distinct（）
#一个tibble:4x3
#组别:班级[4]
类表型
1 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）：PD-1（蛋白石620）：CD68（蛋白石780）FoxP3:PanCK:PD-1:CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8（蛋白石480）：PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）：PD-L1（蛋白石520）CD8:PanCK:CD68:PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）PanCK:CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）FoxP3:PanCK PanCK:FoxP3
另一个技巧是：
my_order <- c("CD68", "PD-1", "FoxP3", "CD8", "PD-L1", "PanCK")
test %>%
mutate(prototype = gsub('\\s*[(][^)]+[)]','',Class),
ordered = map_chr(strsplit(prototype, '\\s*:\\s*'),
~str_c(sort(ordered(.x,my_order), decreasing = TRUE), collapse = ":")))
Class prototype ordered
1 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 780) FoxP3: PanCK: PD-1: CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8 (Opal 480): PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780): PD-L1 (Opal 520) CD8: PanCK: CD68: PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780) PanCK: CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690) FoxP3: PanCK PanCK:FoxP3
我的订单%
变异（原型=gsub（'\\s*[（][^）]+[）]'，''，类），
ordered=map_chr（strsplit（原型，\\s*：\\s*），
~str_c（排序（有序（.x，我的顺序），递减=TRUE），collapse=“：”）
类原型已订购
1 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）：PD-1（蛋白石620）：CD68（蛋白石780）FoxP3:PanCK:PD-1:CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8（蛋白石480）：PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）：PD-L1（蛋白石520）CD8:PanCK:CD68:PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）PanCK:CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）FoxP3:PanCK PanCK:FoxP3
另一个技巧是：
my_order <- c("CD68", "PD-1", "FoxP3", "CD8", "PD-L1", "PanCK")
test %>%
mutate(prototype = gsub('\\s*[(][^)]+[)]','',Class),
ordered = map_chr(strsplit(prototype, '\\s*:\\s*'),
~str_c(sort(ordered(.x,my_order), decreasing = TRUE), collapse = ":")))
Class prototype ordered
1 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 780) FoxP3: PanCK: PD-1: CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8 (Opal 480): PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780): PD-L1 (Opal 520) CD8: PanCK: CD68: PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780) PanCK: CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690) FoxP3: PanCK PanCK:FoxP3
我的订单%
变异（原型=gsub（'\\s*[（][^）]+[）]'，''，类），
ordered=map_chr（strsplit（原型，\\s*：\\s*），
~str_c（排序（有序（.x，我的顺序），递减=TRUE），collapse=“：”）
类原型已订购
1 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）：PD-1（蛋白石620）：CD68（蛋白石780）FoxP3:PanCK:PD-1:CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8（蛋白石480）：PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）：PD-L1（蛋白石520）CD8:PanCK:CD68:PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK（蛋白石690）：CD68（蛋白石780）PanCK:CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3（蛋白石570）：PanCK（蛋白石690）FoxP3:PanCK PanCK:FoxP3
删除paren及其内容是重复的-也许你可以在那里应用答案并编辑此问题以关注重新排序？你对正则表达式的想法是正确的，我认为你只需要将str\u replace
（替换第一个匹配项）更改为str\u replace\u all
（替换所有匹配项）。谢谢！我确实读过该线程，但是我看不出它是如何应用于单个字符串中的多个括号的-这是标准tidyverse示例之外的str\u replace\u all
的一个很好的示例。删除paren及其内容是重复的-也许你可以在那里应用答案并编辑此问题以关注重新排序g？您对正则表达式的想法是正确的，我认为您只需要将str\u replace
（替换第一个匹配项）更改为str\u replace\u all
（替换所有匹配项）。谢谢！我确实读过那个帖子，但是我看不出它是如何应用于单个字符串中的多个括号的-这是标准tidyverse示例之外的一个很好的例子。str_replace_all
。太棒了！为什么需要删除空白才能使用：mutate（表型=str_remove_all（表型，（\\s））
Regex和str\u replace\u all
也适用于这里的第一行：test%>%mutate（表型=str\u replace\u all（类，“\”（[^（）]{0，}\”，“））
@JamesMonkman，刚刚查看了关于空格的预期输出。是的，一般来说，regex可以用不同的方式处理。太棒了！为什么需要删除空格才能使用：突变（表型=str_remove_all（Phe
my_order <- c("CD68", "PD-1", "FoxP3", "CD8", "PD-L1", "PanCK")
test %>%
mutate(prototype = gsub('\\s*[(][^)]+[)]','',Class),
ordered = map_chr(strsplit(prototype, '\\s*:\\s*'),
~str_c(sort(ordered(.x,my_order), decreasing = TRUE), collapse = ":")))
Class prototype ordered
1 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690): PD-1 (Opal 620): CD68 (Opal 780) FoxP3: PanCK: PD-1: CD68 PanCK:FoxP3:PD-1:CD68
2 CD8 (Opal 480): PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780): PD-L1 (Opal 520) CD8: PanCK: CD68: PD-L1 PanCK:PD-L1:CD8:CD68
3 PanCK (Opal 690): CD68 (Opal 780) PanCK: CD68 PanCK:CD68
4 FoxP3 (Opal 570): PanCK (Opal 690) FoxP3: PanCK PanCK:FoxP3