igraph从邻接列表生成邻接矩阵

我在邻接列表中有友谊数据。样本中的每个人（由id表示）最多可以提名5个朋友（f1-f5）。名为“net_test”的数据帧如下所示：

    id   f1   f2   f3   f4   f5
1  1101 1113 1112   NA   NA   NA
2  1102 1111 1113 1103 1105   NA
3  1103 1105 1110   NA   NA   NA
4  1104 1115 1106 1110 1109 1112
5  1105 1103 1109 1116 1101   NA
6  1106 1121 1103 1113   NA   NA
7  1107 1106 1111   NA   NA   NA
8  1108 1104 1109   NA   NA   NA
9  1109 1114 1103 1113 1108 1120
10 1110 1101 1103 1109 1107   NA

第一行是列号。根据这些数据，我想生成一个邻接矩阵，其中ID为行名和列名，如果两个ID有友谊链接，则条目1。我首先尝试将其保存为图形，然后在第二步中生成邻接矩阵：

require(igraph)
netdat<-graph.adjlist(net_test, mode="out", duplicate=FALSE)
adjmat <- get.adjacency(netdat, type="both")

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是否有其他方法将邻接列表转换为邻接矩阵？

我想问题是，

net\u test

不是合适的邻接列表，因为它包含的不仅仅是两列。所以我要做的第一件事就是通过融化把它变成这种形式：

require(reshape2)
net_list <- melt( net_test, id.vars = "id")
net_list <- net_list[ !is.na(net_list$value), c("id", "value") ]
colnames(net_list) <- c("from", "to")
graph.adjlist(net_list, mode="out", duplicate=FALSE)

# IGRAPH D--- 1121 66 --

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你误解了命令。命令

get.adjlist

将igraph图形对象作为参数，并返回图形的列表类型对象表示形式。您正在将其应用于未强制到igraph对象的数据帧

下面是使用数据帧构造igraph图形对象的正确方法，以及如何获取该对象的各种图形表示

require(reshape2)
net_list <- melt( net_test, id.vars = "id")
net_list <- net_list[ !is.na(net_list$value), c("id", "value") ]
graph_o <- graph.data.frame(net_list) #This is a proper igraph graph object
#got from a data frame directly

list_rep <- get.adjlist(graph_o) #this now returns an adjacency list 
#representation of your graph
matrix_rep <- get.adjacency(graph_o) #this gives you the adjacency
#matrix as a (sparse) matrix with the row and column names as you want.

require（重塑2）
net_list虽然它以OP想要的形式给出了邻接矩阵，但是OP应该采取一系列igraph惯用的步骤+1表示acast

。虽然这给出了OP要求的内容，但值得注意的是，它从图中排除了孤立节点。net_list[！is.na（net_list$value），c（“id”，“value”）]将删除所有未发送任何链接的用户，并且只有当他们从其他用户处收到链接时，才会显示在图表中。

acast(net_list, from ~ to, fun.aggregate = length )

require(reshape2)
net_list <- melt( net_test, id.vars = "id")
net_list <- net_list[ !is.na(net_list$value), c("id", "value") ]
graph_o <- graph.data.frame(net_list) #This is a proper igraph graph object
#got from a data frame directly

list_rep <- get.adjlist(graph_o) #this now returns an adjacency list 
#representation of your graph
matrix_rep <- get.adjacency(graph_o) #this gives you the adjacency
#matrix as a (sparse) matrix with the row and column names as you want.