使用“时出错”；sva“；用R包装

我在R中使用“sva”包来确定数据集中的代理变量。我有一个60000行8列的数据框（成绩单x样本）。该矩阵中的每个元素都是对应转录和样本的“TPM”（每个因子的转录本，一个数值）值。以下是我正在运行的代码：

   library(sva)
   library(Biobase)
   library(limma)

   data=read.table("mymatrix.txt")

   model  = model.matrix(~Sample_1+Sample_2,data=data)
   # NULL model
   model0 = model.matrix(~1,data=data) # no intercept

   # Run SVA
   svobj = sva(dat=data, mod=model, mod0=model0)

运行“sav（）”函数后，会出现以下错误： H%*%t（dat）中出错：参数不一致

有人知道这是什么意思吗？ 这是.txt文件的一个示例：

                          Sample_1    Sample_2    Sample_3      Sample_4 
    ENSMUST00000060336.4 2.10642e-01 1.29483e-01 2.58036e-01 1.59276e-01
    ENSMUST00000060345.5 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
    ENSMUST00000060348.2 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
    ENSMUST00000060356.5 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
    ENSMUST00000060357.8 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00

在.txt文件中，所有的值都是“double”格式，但当我使用“read.table”读取文件时，它们会转换为“e”格式，这就是问题所在吗

在文本文件中：

                           Sample_1" "Sample_2"     "Sample_3"     "Sample_4"
    "ENSMUST00000000001.4" 18.7276    16.9755        12.138        20.0952 
    "ENSMUST00000000003.8" 0           0              0             0 
    "ENSMUST00000000010.8" 0           0              0             0 
    "ENSMUST00000000028.8" 0          0.427772       0.162408       0  
    "ENSMUST00000000033.6" 125.936    17.5017        21.3972        59.4235 

---

在发生此错误后，是否可以运行

traceback（）

函数以查看错误发生的位置？另外，能否提供

mymatrix.txt

的内容？（如果它很长，你能创建一个有几行的例子来重现这个问题吗？）当然，这里有一个.txt文件的例子：你试过

model1=model.matrix（~age，data=batch）

，

model0=model.matrix（~1，data=batch）

，然后

svobj=sva（dat=data，mod=model1，mod0=model0）

？（请注意，您可能不想将6000x8表达式数据放入一个名为“model”的矩阵中，因为这会让您混淆它和实际模型）此时，我们需要查看您的数据。试试

str（x）

@user1080814这是一个统计问题，而不是编程问题：它表明数据中可能没有任何值得纠正的代理变量。（总的来说，假设您正确使用sva，这通常是个好消息）。顺便说一句，你真的应该研究未来的问题。