用重新思考的R包拟合贝叶斯模型时出错
我正试图拟合一个非常简单的模型来估计疾病的患病率,如第6页所述,使用Rethinking R软件包 这是我的密码:用重新思考的R包拟合贝叶斯模型时出错,r,syntax-error,bayesian,model-fitting,R,Syntax Error,Bayesian,Model Fitting,我正试图拟合一个非常简单的模型来估计疾病的患病率,如第6页所述,使用Rethinking R软件包 这是我的密码: quap(alist( p ~ dbeta(.3, .3), p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p), # I tried also p_test <- 1 - dbinom(0, s, p) k ~ dbinom(w, p_test) ), data = list(s = 10, k = 30, w = 200)) quap(al
quap(alist(
p ~ dbeta(.3, .3),
p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p), # I tried also p_test <- 1 - dbinom(0, s, p)
k ~ dbinom(w, p_test)
), data = list(s = 10, k = 30, w = 200))
quap(alist)(
p~dbeta(.3,.3),
p_-test~1-dbinom(0,s,p),#我也尝试了p_-test重新排列alist
中的定义
quap(
alist(
k ~ dbinom(w, p_test),
p ~ dbeta(.3, .3),
p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p)
),
data = list(s = 10, k = 30, w = 200)
)
此代码返回:
Quadratic approximate posterior distribution
Formula:
k ~ dbinom(w, p_test)
p ~ dbeta(0.3, 0.3)
p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p)
Posterior means:
p
0.01575975
Log-likelihood: -2.55
你的数据是由一个观察值组成的吗?我从未使用过“重新思考”
软件包,但在大多数采样器(rjags、rstan等)中,我们希望这里有一个列表或向量列表……是的,是计数数据。我相信这不应该是一个问题。同一模型的Stan版本至少不会抱怨。好吧,那没关系;)谢谢!你知道为什么吗?我不知道确切的原因,因为我没有检查quap
的代码。我一直遵循似然结构,后面跟着先验,因为它模糊地写在quap
的帮助下(flist应该是定义似然函数的单个公式,或者是定义参数的似然和优先级的公式列表。请参见下面的示例。)