在R标记中更改.libpath（）？

我目前安装在一个远程服务器上，该服务器就是.Rmd文件所在的位置

除了在此服务器上指定包库之外，我还将WD设置为此服务器

但是，.libPaths（）命令似乎没有“粘住”，这意味着我无法使用下面调用的包

R降价代码：

require("knitr")
knitr::opts_chunk$set(warning=FALSE)
.libPaths("/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6")
knitr::opts_knit$set(root.dir="/home/rebecca/missionbio/")

getwd()
.libPaths()

library(mixtools)
library(tapestri)
library(dplyr)
library(uwot)
library(ggplot2)
library(magrittr)
library(ggrepel)
library(ComplexHeatmap)
library(circlize)
library(RColorBrewer)
library(grid)
library(gridExtra)
library(data.table)

产出：

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library"
> 
> # Load required libraries. Install using install_packages("package_name") if necessary
> library(tapestri)
Error in library(tapestri) : there is no package called ‘tapestri’

如何在Rmarkdown中设置块的.libpath？

调用

.libpath（）

不会改变任何内容。。。你的意思是像

.libPaths（unique）c（getwd（），.libPaths（））

？我调用了.libPaths（），表明它与我上面设置的不匹配：.libPaths（“/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6”）那个目录（

“/home/patrick/…”

）存在吗？如果没有，则

.libPaths

不会出错或发出警告，只会忽略它。Try:

dir.exists（“/home/patrick/R/x86\u 64-pc-linux-gnu-library/3.6”）

，确认它是

TRUE

。（抱歉，只是暗中捅了一刀。）是的，目录存在（“/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6”）[1]正确。我可以问一下——一般来说，Rmarkdown是否默认为Rstudio所在目录的库（我在本地使用R studio，但在终端中，R在远程机器上）？在标记文件中更改.libPaths（）与在R文档中更改.libPaths（）通常有不同的方法吗？抱歉，修改--在R标记文件中，目录似乎不存在，即使我将WD设置为该远程服务器：

dir.exists（“/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6”）[1]FALSE

调用

.libPaths（）

不会改变任何东西。。。你的意思是像

.libPaths（unique）c（getwd（），.libPaths（））

？我调用了.libPaths（），表明它与我上面设置的不匹配：.libPaths（“/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6”）那个目录（

“/home/patrick/…”

）存在吗？如果没有，则

.libPaths

不会出错或发出警告，只会忽略它。Try:

dir.exists（“/home/patrick/R/x86\u 64-pc-linux-gnu-library/3.6”）

，确认它是

TRUE

。（抱歉，只是暗中捅了一刀。）是的，目录存在（“/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6”）[1]正确。我可以问一下——一般来说，Rmarkdown是否默认为Rstudio所在目录的库（我在本地使用R studio，但在终端中，R在远程机器上）？在标记文件中更改.libPaths（）与在R文档中更改.libPaths（）通常有不同的方法吗？抱歉，修改--在R标记文件中，目录似乎不存在，即使我将WD设置为该远程服务器：

dir.exists（“/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6”）[1]FALSE