R 打印基于满足范围的列表

如果满足某些值，我想在列表中生成字符串输出。我有一张这样的桌子：

grp      V1  V2  V3  V4  V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11   V12   V13 V14 V15 V16 V17
1:   1 go.1 142 144 132 134  0  31 11  F   D  T   hy     al qe  34   6   3
2:   2 go.1 313 315 303 305  0  31 11  q   z  t   hr     ye er  29  20  41
3:   3 go.1 316 318 306 308  0  31 11  f   w  y   hu     er es  64  43  19
4:   4 go.1 319 321 309 311  0  31 11  r   a  y   ie     uu qr  26  22  20
5:   5 go.1 322 324 312 314  0  31 11  g   w  y   hp     yu re  44   7   0

我正在使用此函数生成所需的输出：

library(IRanges); library(data.table)
rangeFinder = function(x){  
  x.ir = reduce(IRanges(x$V2, x$V3))
  max.idx = which.max(width(x.ir))
  ans = data.table(out = x[1,1], 
             start = start(x.ir)[max.idx], 
             end = end(x.ir)[max.idx])
return(ans)}

rangeFinder(x.out)
          out start end
1:          1   313 324

我还想在rangeFinder的开始和结束输出之间生成一个包含字母（来自V9-V11列）的列表

例如，输出应该如下所示

out
[[go.1]]
[1]     "qztfwyraygwy"

---

测距仪正在查看第V2列和第V3列中的值，并打印最长匹配的数字。请注意，即使测距仪从313-324（而不是从142-324）生成输出，列表输出中也不包括“FDT”。如何获得所需的输出？

reduce

有一个带有.revmap的参数

，用于向对象添加“元数据”列（可通过
mcols（）
访问）。这与每个缩减范围相关联的是映射到缩减范围的原始范围的索引，作为一个
IntegerList
类，基本上是一个列表，其中所有元素都保证为整数向量。这些是你感兴趣的行

ir <- with(x, IRanges(V2, V3))
r <- reduce(ir, with.revmap=TRUE)
i <- unlist(mcols(r)[which.max(width(r)), "revmap"])

是一个替代品。
我似乎没有.revmap的功能
我收到了这个错误。.local（x，…）中出错：未使用的参数（with.revmap=TRUE）@user3141121是的，这与当前的Bioconductor有关，在使用R-3.1时可用（从昨天开始！）我知道了。3.0有什么解决办法吗？我不想更新，因为我的所有其他库也需要更新
j <- paste0("V", 9:11)
paste0(as.matrix(x[i, j, drop=FALSE]), collapse="")

h = findOverlaps(ir, r)
i = queryHits(h)[subjectHits(h) == which.max(width(r))]