以簇为颜色的R双图
我在PCA变换后进行聚类,我想在PCA空间的前二维或三维可视化聚类结果,以及原始轴对投影PCA轴的贡献 我使用了使用ggplot的以簇为颜色的R双图,r,ggplot2,pca,R,Ggplot2,Pca,我在PCA变换后进行聚类,我想在PCA空间的前二维或三维可视化聚类结果,以及原始轴对投影PCA轴的贡献 我使用了使用ggplot的factoextra库,它运行良好,但我想去掉图例: 我的代码: # Load iris dataset data(iris) # PCA pca <- prcomp(iris[,-5], scale=TRUE) df.pca <- pca$x # Cluster over the three first PCA dimensions kc <-
factoextra
库,它运行良好,但我想去掉图例:
我的代码:
# Load iris dataset
data(iris)
# PCA
pca <- prcomp(iris[,-5], scale=TRUE)
df.pca <- pca$x
# Cluster over the three first PCA dimensions
kc <- kmeans(df.pca[,1:3], 5)
# 2-D biplot (how to get rid of legend?)
# install.packages("devtools")
# library("devtools")
# install_github("kassambara/factoextra")
library(factoextra)
fviz_pca_biplot(pca, label="var", habillage=as.factor(kc$cluster)) +
labs(color=NULL) + ggtitle("") +
theme(text = element_text(size = 15),
panel.background = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = "black"),
legend.key = element_rect(fill = "white"))
#加载iris数据集
数据(iris)
#主成分分析
pca我认为您应该尝试主题(legend.position=“none”)
这就是我得到的:这也应该有效:
在ggtitle(“”)
我无法安装要检查的factoextra
软件包,但您能否在ggtitle(“”
)之后添加+指南(shape=FALSE)
?几乎!我需要摆脱两个传说,而不仅仅是一个。我更新了我的评论作为答案,你能确认它的工作吗?工作完美!我想我已经试过了。谢谢
library(rgl)
text3d(pca$x[,1:3],texts=rep("*",dim(pca$x)[1]), col=kc$cluster) # points
text3d(1*pca$rotation[,1:3], texts=rownames(pca$rotation), col="red") # arrows title
coords <- NULL
for (i in 1:nrow(pca$rotation)) {
coords <- rbind(coords, rbind(c(0,0,0),1*pca$rotation[i,1:3]))
}
lines3d(coords, col="blue", lwd=1)
library(factoextra)
plot(fviz_pca_biplot(pca, label="var",
habillage=as.factor(kc$cluster)) + ggtitle("") +
theme(text = element_text(size = 15),
panel.background = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = "black"),
legend.position="none"))
library(factoextra)
fviz_pca_biplot(pca, label="var", habillage=as.factor(kc$cluster)) +
labs(color=NULL) +
ggtitle("") + guides(shape=FALSE, color=FALSE)
theme(text = element_text(size = 15),
panel.background = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = "black"))