循环使用Korn shell中Rscript中的不同参数

我在终端中运行了一个R脚本，首先生成一个名为myscript.ksh的.ksh文件，其中包含以下信息：

#!/bin/ksh

Rscript myscript.R 'Input1'

#!/bin/ksh

if [ $# -ne 1 ]; then
   echo "Usage: $0 input"
   exit 1
fi
# Or start at the background with nohup .... &, other question
Rscript myscript.R "$1"

然后用

./mycode.ksh

它将脚本发送到我们部门集群上的一个节点（我们发送到集群的进程必须是.ksh文件）

“Input1”是R脚本用于某些分析的输入参数

我现在遇到的问题是，我需要使用函数的不同输入参数多次运行此脚本。一种解决方案是生成几个.ksh文件，例如：

#!/bin/ksh

Rscript myscript.R 'Input2'

及

然后分别执行，但我希望找到更好的解决方案

请注意，我必须对100个不同的输入参数执行此操作，因此编写100个这样的文件是不现实的。是否有方法生成另一个文件，其中包含需要提供给函数的信息，例如“Input1”“Input2”“Input3”，然后分别为这些文件运行myscript.ksh

例如，我可以使用一个变量定义输入参数的名称，然后使用一个循环将其传递给myscript.ksh。可能吗

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以这种方式运行这些程序的原因是，每次迭代都有希望发送到集群上的不同节点，从而以更快的速度分析数据

您需要做两件事：

创建一个包含所有输入变量的数组

在阵列中循环并启动所有调用

以下说明了这一概念：

#!/bin/ksh

#Create array of inputs - space separator 
inputs=(Input1 Input2 Input3 Input4)

# Loop through all the array items {0 ... n-1}
for i in {0..3}
do
   echo ${inputs[i]}
done

这将输出输入数组中的所有值

您只需将do循环的内容替换为：

Rscript myscript.R ${inputs[i]}

此外，您可能需要在Rscript命令行的末尾添加一个“&”，以将每个Rscript命令作为一个单独的线程派生出来——否则，shell将等待每个Rscript命令返回，然后再继续下一个命令

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编辑：

根据您的评论，您需要实际生成.ksh脚本以提交到

qsub

。为此，只需展开

do

循环即可

例如：

#!/bin/ksh

#创建输入数组-空格分隔符
输入=（输入1输入2输入3输入4）
#循环遍历所有数组项{0…n-1}
对于{0..3}中的i
做
cat>submission.ksh当脚本启动时不知道所有参数时，可以创建一个名为mycode.ksh的.ksh文件，其中包含以下信息：

#!/bin/ksh

Rscript myscript.R 'Input1'

#!/bin/ksh

if [ $# -ne 1 ]; then
   echo "Usage: $0 input"
   exit 1
fi
# Or start at the background with nohup .... &, other question
Rscript myscript.R "$1"

然后用
/mycode.ksh输入

当应用程序知道所有参数时，可以使用循环：

#!/bin/ksh
if [ $# -eq 0 ]; then
   echo "Usage: $0 input(s)"
   exit 1
fi
for input in $*; do
   Rscript myscript.R "${input}"
done

然后用

./mycode.ksh input1 input2 "input with space in double quotes" input4

输入参数的命名是否一致？例如，输入#，其中#来自1。。。100？否。它们有特定的名称。问题是，我需要为每个输入参数执行不同的.ksh脚本（以便将其发送到集群上的不同节点）。您建议将.ksh发送到一个集群。假设我想对两个不同的运行执行此操作，一个运行输入'input1'，另一个运行输入参数'blahblah'。我想我需要另一个文件来生成不同的.ksh脚本（每个ksh覆盖最后一个），并使用qsub myscript.kshEdited answer执行，以响应您的澄清。