如何在Linux（Red Hat/CentOS）上更新到特定的R版本，保持以前的版本？

一个（可能是典型的）在Linux上升级R的故事

历史记录：

在过去的某个时候，我在RHEL/CentOS 7服务器上使用当时由

yum

package manager下拉的默认版本更新了R的版本。例如，在2019年初的某个时候，

sudo-yum将R

安装到3.5.2版。默认情况下，这将为所有用户在

/usr/lib64/R

处安装R，并完全取代以前安装在那里的3.4.x版本。Shining Server已经安装，配置为以用户

Shining

的身份运行，它顺利地获得了新版本的R

情况：

一年后，现在是时候咬紧牙关更新Linux服务器上运行的R版本了。运行

yum检查upgrade R

我发现可用的版本是3.6.0。实际上我想安装3.6.3，我不想破坏所有运行在3.5.2上的应用程序，所以我需要使用不同的方法。按照中的说明，我下载了3.6.3.rpm文件并安装它。默认情况下，这将在

/opt/R/3.6.3/

处安装R，保持3.5.2版本不变。但是，一旦我完成这一步骤，我的所有闪亮应用程序都无法工作：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

这并不奇怪。我的闪亮应用程序都依赖于几个尚未为新版本R安装的R软件包。我可以通过删除这些符号链接，在新版本中安装必要的软件包之前，快速使我的应用程序在以前的版本（3.5.2）上重新工作：

sudo rm /usr/local/bin/R  
sudo rm /usr/local/bin/Rscript 

我的闪亮应用程序日志文件中的错误消息（位于

/var/log/shinny服务器/


问题1:我不知道为什么，但是在您的路径上有多个版本的R可能会导致类似这样的意外情况。
/usr/local/bin
通常在路径中位于
/usr/bin
之前，所以我希望找到R3.6.3。也许这与问题2有关

问题2:一些发行版（如CentOS/RHEL）在使用sudo时，默认情况下不要将
/usr/local/bin
放在路径上。有关详细信息，请参阅。那里的答案描述了在使用sudo时将
/usr/local/bin
添加到路径的几种方法——例如，在
/etc/sudoers
中修改
安全路径
，以包括
/usr/local/bin
，如：

Defaults    secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

由于R 3.6.3在路径中位于默认系统R之前，您不必删除
/bin/R
或
/usr/bin/R
。但最终，我建议您使用相同的方式安装R的多个并排版本，这样更易于管理。下次安装新的R版本时，您只需更换
/u中的符号链接即可sr/local/bin
。默认的系统R（来自EPEL）意味着是系统上唯一的R，具有就地升级

如果要用并列的R3.5.2（或3.5.3）替换默认的R3.5.2，可以从安装R3.5，安装所有必要的软件包，并让服务器使用新的R3.5。然后从EPEL卸载R（
R-core
或
R-core-devel
）要完全切换。从那里，您甚至可以在
/usr/bin
中创建指向R的符号链接，而不是
/usr/local/bin
，并且不用担心将
/usr/local/bin
添加到sudo路径。
啊哈！
/usr/local/bin
对于我的用户来说在
/usr/bin
之前，但作为sudo，它不在那里。这似乎解决了问题estion 1，我将对此进行更深入的研究。这是澄清：“默认的系统R（来自EPEL）意味着是系统上唯一的R，具有就地升级。”我没有想到这两种安装类型是“并排”和“独立”/“就地”，但这种分类很有意义。非常有用，谢谢！结束循环：在删除EPEL版本（
sudo-yum-remove R
和R-core、R-core-devel、R-devel、R-java、R-java-devel）之后，
sudo其中R
再也找不到R了（自从/usr/bin/R被删除后）。创建一个符号链接
sudo ln-s/opt/R/3.6.3/bin/R/usr/bin/R
可以解决这个问题，正如您所说的。
Defaults    secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin