如何控制固定位置的IGRAPHE绘图布局？

我试图画一个网络可视化，类似于流程图。我对以下代码非常熟悉，但我有几个问题：

这是最好的layout（）算法，还是可以手动为每个节点指定位置>

如何确保这些节点在绘图中不重叠（如此处所做）

我可以指定一个节点作为“锚点”或起点吗？i、 例如，我可以使“C”成为最上面的节点还是最左边的节点

非常感谢

library("igraph")
L3 <- LETTERS[1:8]
d <- data.frame(start = sample(L3, 16, replace = T), end = sample(L3, 16, replace = T),
                weight = c(20,40,20,30,50,60,20,30,20,40,20,30,50,60,20,30))


g <- graph.data.frame(d, directed = T)

V(g)$name 
E(g)$weight

ideg <- degree(g, mode = "in", loops = F)

col=rainbow(12) # For edge colors

plot.igraph(g, 
  vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20",
  vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30,
  vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20",
  vertex.shape = "rectangle",
  edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight / 10,
  edge.curved = T, 
  layout = layout.reingold.tilford)

库（“igraph”）
L3igraph中的布局定义在一个矩阵中，每个节点有两列和一行。第一列表示其x位置，第二列表示其y位置，且比例不相关（它始终会重新缩放以适合-1:1的打印区域。您可以在打印前通过调用图形上的布局函数获得此布局：

 l <-layout.reingold.tilford(g) 
 l
     [,1] [,2]
[1,]    0    0
[2,]   -1    3
[3,]    0    1
[4,]    0    3
[5,]    0    2
[6,]    0    4
[7,]    1    3

您似乎还可以设置参数
params
来控制布局abit。这是一个列表，其中包含一个参数
root
，显然可以用于设置图的根。为其分配一个节点编号（请记住，igraph对节点使用类似C的索引，第一个索引为0）。因此，将根设置为“C”：

此函数的作用是将指定网格中布局的矩阵（类似于
layout（）
）转换为具有x和y位置的两列布局。为每个节点定义一个零矩阵，从1到节点总数的整数（这是igraph ID+1）

例如，对于愚蠢的4节点图：

grid <- matrix(c(
    0,0,1,0,0,
    2,0,3,0,4),nrow=2,byrow=TRUE)

library("igraph")

g <- graph.adjacency(matrix(1,4,4))

plot(g,layout=gridLayout(L))

grid如果您想自己分配节点位置，一种比上述方法简单的方法是在数据表中添加标有x和y的列，其中包含这些列中各个节点的x和y坐标

library('igraph')
nodes <- c('a','b','c','d')
x <- c(0,1,2,3)
y <- c(0,1,2,3)
from <- c('a','b','c')
to <- c('b','c','d')
NodeList <- data.frame(nodes, x ,y)
EdgeList <- data.frame(from, to)
a<- graph_from_data_frame(vertices = NodeList, d= EdgeList, directed = FALSE)
plot(a)

library（'igraph'））
节点感谢您的提示！设置这样的位置将其放在一起：l2 2年后这个答案对我很有帮助：-）Sacha，当我应用您的代码时，我在ncol（x）中得到
错误：找不到对象“L”
。在
绘图（g，layout=gridLayout（L））
行中，可能存在我无法理解的问题。
gridLayout <- function(x)
{
    LmatX <- seq(-1,1,length=ncol(x))
    LmatY <- seq(1,-1,length=nrow(x))

    loc <- t(sapply(1:max(x),function(y)which(x==y,arr.ind=T)))
    layout <- cbind(LmatX[loc[,2]],LmatY[loc[,1]])
    return(layout)
}

grid <- matrix(c(
    0,0,1,0,0,
    2,0,3,0,4),nrow=2,byrow=TRUE)

library("igraph")

g <- graph.adjacency(matrix(1,4,4))

plot(g,layout=gridLayout(L))

library('igraph')
nodes <- c('a','b','c','d')
x <- c(0,1,2,3)
y <- c(0,1,2,3)
from <- c('a','b','c')
to <- c('b','c','d')
NodeList <- data.frame(nodes, x ,y)
EdgeList <- data.frame(from, to)
a<- graph_from_data_frame(vertices = NodeList, d= EdgeList, directed = FALSE)
plot(a)