R 一张大桌子或多张小桌子
我已经阅读了这个网站上的MonetDB.R/MonetDBLite帖子、CRAN PDF以及MonetDB网站上的一些文档,并承认自己处于陡峭学习曲线的底部 MonetBlite文档列出了一些函数,并附带了书面警告,说明它们实际上并不打算直接调用。当在R中使用MaNETBD.R函数时,会出现一个警告,说明它已被弃用,请考虑使用MuteldBLITE。 我的数据集约为1亿行x 60因子列,目前占据30个data.frames,已保存到rds文件中。我没有足够的内存来处理R中的全部内容,所以我想将其全部转储到MonetDB中,只提取特定任务所需的数据 如果我选择每个data.frame一个表的范例,那么哪个R脚本会对MonetDB数据库中的所有表运行查询?我假设这是某种类型的连接。这可以通过创建视图来完成吗 如果我选择一个大表范例,那么什么R脚本允许我附加到现有的MonetDB表中 任何指导都将不胜感激。到目前为止,我已经能够拼凑出以下内容:R 一张大桌子或多张小桌子,r,monetdb,monetdblite,R,Monetdb,Monetdblite,我已经阅读了这个网站上的MonetDB.R/MonetDBLite帖子、CRAN PDF以及MonetDB网站上的一些文档,并承认自己处于陡峭学习曲线的底部 MonetBlite文档列出了一些函数,并附带了书面警告,说明它们实际上并不打算直接调用。当在R中使用MaNETBD.R函数时,会出现一个警告,说明它已被弃用,请考虑使用MuteldBLITE。 我的数据集约为1亿行x 60因子列,目前占据30个data.frames,已保存到rds文件中。我没有足够的内存来处理R中的全部内容,所以我想将其
library( MonetDB.R )
library( MonetDBLite )
library( DBI )
library( digest )
dbDir <- 'myDirectory'
#
# Create connection to database
#
conn <- dbConnect( MonetDBLite(), dbDir )
#
# Get data.table
#
f <- choose.files( default='directory to rds files',
caption="select files for processing:",
multi=FALSE )
dt <- readRDS( file=f )
# extract file name without extension
tblName <- sub( "^([^.]*).*", "\\1", basename( f ) )
#
# Add data.table to db
#
dbWriteTable( conn, tblName, dt )
#
# Count rows
#
qryStr <- paste( "SELECT COUNT(*) FROM", tblName )
dbGetQuery( conn, qryStr )
#
# After loading a few tables, stitch together into one view
#
viewStr <- "CREATE VIEW big_tbl AS
SELECT * FROM (
SELECT 'table1' AS type, table1.* FROM table1
UNION ALL
SELECT 'table2' AS type, table2.* FROM table2
UNION ALL
SELECT 'table3' AS type, table3.* FROM table3
) AS big_tbl_table"
dbGetQuery( conn, viewStr )
# dbListTables( conn )
#[1] "big_tbl" "table1"
#[3] "table2" "table3"
#
# Get VIEW into R
#
library( dplyr )
mdb <- src_monetdb( embedded=dbDir )
bigView <- tbl( mdb, 'big_tbl' ) # Error: select is not a character vector
bigView <- tbl( mdb, 'table1' )
#
# Disconnect from db
#
dbDisconnect( conn )
库(MonetDB.R)
图书馆(MonetBlite)
图书馆(DBI)
图书馆(摘要)
dbDir所有的小表都有相同的模式/列吗?在这种情况下,我将使用dbWriteTable()
将append
标志设置为TRUE
,将它们全部放在一个大表中 所有小表是否都具有相同的架构/列?在这种情况下,我会使用dbWriteTable()
将它们放在一个大表中,并将append
标志设置为TRUE
@Hannes-太好了,这正是我需要前进的方向。谢谢大家!@汉内斯-如果你创建一个答案,我会将其标记为已解决。再次感谢。嗨,汉内斯,下面是一个快速跟进的问题:在将数据表的列写入MonetDB之前,您是将它们作为因子保留,还是将它们转换为字符(3列)、整数(12列)和数字(43列)?使用转换列填充的测试db几乎比仅使用因子填充的相同db大2倍。当加载到MonetDB表中时,factor列采用CLOB数据类型,我本以为(显然是错误的)需要比整数和double更多的字节。我想使用最安全的方法,尽可能在磁盘上进行最高的压缩。插入时仍会转换因子。