R 如何计算每个基因的关联数

我有一个来自

eqtl

分析和

MatrixEQTL

的输出文件：

SNP gene    beta    t-stat  p-value FDR
ch01_76563780   GW_06g072920    0.049942008791647   932.306067766817    2.2250738585072e-308    1.60416093688267e-302
ch02_36905357   GW_06g072920    -0.049942008791647  -932.306067766817   2.2250738585072e-308    1.60416093688267e-302
ch07_69573723   GW_06g072920    0.049942008791647   932.306067766817    2.2250738585072e-308    1.60416093688267e-302
ch01_87880392   GW_06g072920    0.0499413219745195  923.819795644165    2.2250738585072e-308    1.60416093688267e-302

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我试图计算每个基因之间的关联，以获得重要的基因进行总结。如有任何建议，我将不胜感激。谢谢大家!

好的，那么关联本质上就是数据中某个特定基因的行数？ 然后就可以简单地按基因分组并计数了

library(magrittr)
eqtl %>% 
  dplyr::group_by(gene) %>%
  dplyr::summarise(Associations = dplyr::n())

# here is a small example with a toy df
tibble::tibble(SNPS = 1:4, Gene = "testgene") %>% 
  dplyr::group_by(Gene) %>% 
  dplyr:::summarise(Associations = dplyr::n())

这能行吗，让我知道

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祝你好运：）

你好，用户1567654，你如何定义关联？如果要遵循公式，则对按“基因”分组的数据执行该操作。e、 g.数据%>%dplyr:：按（基因）分组%>%dplyr:：汇总（结果=您的关联公式）。祝你好运。嗨@Jagge，谢谢你！这里的每一行代表一个关联。我想看看每个基因的输出中有多少SNP（第1列）。对于EAX来说，基因GW_06g072920在原始问题中有4个相关的SNP。它起作用了，谢谢！不过我还有一个后续问题。我想使用for循环定义一个窗口（每个方向10000 bp）来计算任何SNP。这就是有一个SNP，那么我不计算每个方向10000 bp左右的任何其他SNP，以便于总结。你有什么建议吗？很高兴它奏效了，请将答案标记为正确，这样其他人可以快速浏览页面并知道问题得到了回答（我也得到了甜点），你可能会通过发布新问题得到最好的帮助。但也许可以这样做：for（i in 1:（nrow（eqt1）-10000））{df_tmp谢谢！我会尝试你的建议或发布另一个问题。你能帮我将结果绘制成x轴上类似于条形图的基因和y轴上的关联数吗。