在R中有吸引力的3D绘图

我正在写一份提案，需要一个3D绘图，如下所示：

但最好是更有吸引力。我需要每个点的大小来反映物种的丰富度，以及通过连接点创建的体积轮廓

样本数据：

input<-data.frame(
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,6,6,1),
trait_y=c(7,7,7,1),
trait_z=c(8,8,8,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
input
  label trait_x trait_y trait_z point_size
1   sp1       6       7       8        6
2   sp2       6       7       8        7
3   sp3       6       7       8        8
4   sp4       1       1       1        1

---

这应该让您开始使用包

rgl

。注意：重新阅读后，我发现我使用的xyz坐标与您使用的有点不同，但概念是相同的

input<-data.frame( # I adjusted the values for better appearance in demo
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,7,11,1),
trait_y=c(10,7,9,1),
trait_z=c(4,7,6,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
names(input) <- c("name", "x", "y", "z", "radius")
input$radius <- input$radius*0.2

require("rgl")

spheres3d(input[,2:4], radius = input[,5], col = c("red", "green", "blue", "orange"), alpha = 0.5)
axes3d(box = TRUE)
title3d(xlab = "x_trait", ylab = "y_trait", zlab = "z_trait")
text3d(input[1,2:4], texts = "species X")
# next line is clunky but you can do it more elegantly
segs <- rbind(input[1:2,2:4], input[2:3,2:4], input[3:4,2:4], input[c(4,1),2:4])
segments3d(segs)

---

input您能展示一下您尝试过的吗？当然，现在就添加它。它更像是一个插图而不是一个精确的绘图吗？如果上面只有四个斑点，那么使用图形包来绘制可能会更容易。另一个选项是rgl软件包，它可以制作动态3d图形。这只是一个说明概念的例子。话虽如此，我想找到一些东西，表明我已经准备好分析更复杂的东西，如果需要的话。非常漂亮！谢谢你，布莱恩。你知道吗，不是用直线连接每个点的中心，而是显示这些点在3D空间中创建的体积（即所谓的凸面外壳体积…基本上是在所有点周围放置收缩包装，并显示点所占据的空间“云”），抱歉，我的解释有点粗糙。你知道我的意思吗？我知道你在说什么，但从来没有做过。我很确定它是在许多软件包中实现的：
install.packages（“sos”）；图书馆（“sos”）；findFn（“凸面外壳”）
。但请记住，你们的点实际上是围绕着一个点的球体，所以仔细想想这样的收缩包装在科学上代表了什么。根据你的维度和球体大小的含义，也许像椭球体这样的东西更合适（但我提到这一点主要是因为我知道怎么做！）。没错。你已经回答了我的问题，但我现在要厚着脸皮问你如何将椭球体应用到现有的图形中，去掉轴上的数字。：）选中
？axes3d
看起来像设置
ticks=FALSE
，或者一些参数组合将为您提供一个简单的边界框。使用椭球体假设所有这些点都是相同空间/参数的独立度量（但我认为你的是为演示而设计的，所以你可以称它们为独立的！）。但是，要做到这一点，
install.packages（“ChemoSpec”）；库（“ChemoSpec”）
然后查看
？生成椭球体
如果您将点传递给该函数，您将获得封闭椭球体的xyz坐标，您可以使用
点3d
将其添加到
rgl
绘图中，并将点绘制得非常小，或者使用透明度。
input<-data.frame( # I adjusted the values for better appearance in demo
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,7,11,1),
trait_y=c(10,7,9,1),
trait_z=c(4,7,6,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
names(input) <- c("name", "x", "y", "z", "radius")
input$radius <- input$radius*0.2

require("rgl")

spheres3d(input[,2:4], radius = input[,5], col = c("red", "green", "blue", "orange"), alpha = 0.5)
axes3d(box = TRUE)
title3d(xlab = "x_trait", ylab = "y_trait", zlab = "z_trait")
text3d(input[1,2:4], texts = "species X")
# next line is clunky but you can do it more elegantly
segs <- rbind(input[1:2,2:4], input[2:3,2:4], input[3:4,2:4], input[c(4,1),2:4])
segments3d(segs)