R 删除所有值均为0的列
我有一个带有R 删除所有值均为0的列,r,R,我有一个带有15000列的数字矩阵。我想完全删除所有值均为0的列 col1 col2 col3 col4 row1 1 0 0 1 row2 3.4 0 0 2.4 row3 0.56 0 0 0 row4 0 0 0 0 这里我想删除列col2和col3,并保留其余的。 我怎么能用R做呢?
15000列的数字矩阵。我想完全删除所有值均为0
的列
col1 col2 col3 col4
row1 1 0 0 1
row2 3.4 0 0 2.4
row3 0.56 0 0 0
row4 0 0 0 0
这里我想删除列col2
和col3
,并保留其余的。
我怎么能用R做呢?
谢谢使用apply
和all
,怎么样:
M <- as.matrix(data.frame(a=runif(10),b=rep(0,10),c=runif(10),d=rep(0,10)))
M[,which(!apply(M,2,FUN = function(x){all(x == 0)}))]
M做同样事情的更快方法(快3-5倍)是
编辑:添加了这里建议的各种方法的时间细节。@Dwin使用M[,colSums(abs(M))!==0]
提出的方法似乎工作得最快,尤其是当矩阵较大时。如果提出其他解决方案,我将更新基准测试报告
m <- cbind(rnorm(1000),0)
M <- matrix(rep(m,7500), ncol=15000)
f_joran = function(M) M[, !apply(M==0,2,all)]
f_ramnath = function(M) M[, colSums(M^2) != 0]
f_ben = function(M) M[, colSums(M==0) != ncol(M)]
f_dwin = function(M) M[, colSums(abs(M)) != 0]
library(rbenchmark)
benchmark(f_joran(M), f_ramnath(M), f_ben(M), f_dwin(M),
columns = c('test', 'elapsed', 'relative'),
order = 'relative', replications = 10)
test elapsed relative
4 f_dwin(M) 11.699 1.000000
2 f_ramnath(M) 12.056 1.030515
1 f_joran(M) 26.453 2.261133
3 f_ben(M) 28.981 2.477220
m您提到了15000列,但没有提到行数。如果有几千行并且速度是个问题,colSums
将比apply
快很多
m <- cbind(rnorm(1000),0)
M <- matrix(rep(m,7500), ncol=15000)
system.time(foo <- M[,which(!apply(M==0,2,all))])
# user system elapsed
# 1.63 0.23 1.86
system.time(bar <- M[,colSums(M)!=0])
# user system elapsed
# 0.340 0.060 0.413
identical(foo,bar)
# [1] TRUE
m你可以稍微压缩一下:m[,它(!apply(m==0,2,all))
或者更进一步:m[,!apply(m==0,2,all)]
Slick。如果数据中没有零,您可以将零替换为NA,转换矩阵,应用complete.cases
并转换回。只是把它放在那里…@Ramnath:使用abs()
@Dwin可能比平方快。你是对的abs()
似乎确实比平方矩阵更快。看我的答案,看看时间。嘿,谢谢你的时间安排。我会断定我错了。3%的差异不值得费心。为了稳健性,我会添加drop=F
,例如F_dwin=function(M)M[,colSums(abs(M))!=0,drop=F]
使用colSums(M)!=0
表示矩阵中可能有负值。啊,没错;我没有看到你的答案。我开始发帖,被打断了,30分钟后就完成了。
m <- cbind(rnorm(1000),0)
M <- matrix(rep(m,7500), ncol=15000)
system.time(foo <- M[,which(!apply(M==0,2,all))])
# user system elapsed
# 1.63 0.23 1.86
system.time(bar <- M[,colSums(M)!=0])
# user system elapsed
# 0.340 0.060 0.413
identical(foo,bar)
# [1] TRUE