Ubuntu 12.04 R install.packages（）不工作。无警告，无安装

我正在运行一个ubuntu 12.04实例，已经加载了R3.0.2，但无法获取install.packages（）来安装软件包。它下载文件，但似乎没有安装它们。我是不是遗漏了什么？在运行UbuntuR实例之前，我从未遇到过这样的问题。顺便说一句，我试着用sudor从命令行以root用户的身份运行该进程，但仍然没有警告，也没有安装。顺便说一下，这个问题在我尝试安装的所有软件包中都是一致的

以下是一个例子：

> install.packages("dataview")
Installing package into ‘/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘xtermStyle’

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/xtermStyle_2.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 15265 bytes (14 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 14 Kb

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/dataview_1.4-8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 10696 bytes (10 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 10 Kb


The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp6FevA0/downloaded_packages’
> library(dataview)
Error in library(dataview) : there is no package called ‘dataview’ 

值得一提的是，我使用以下shell命令安装了R

#remove old versions
sudo apt-get remove r-base-core
#Adding deb to sources.list
sudo nano /etc/apt/sources.list    
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/

# Add key to sign CRAN packages
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
#Add specific PPA to the system
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
#installing
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

---

提前感谢您的帮助

根据我过去的经验，我可能会有一些建议，希望能有所帮助：

我会以超级用户的身份运行R

sudosu

。然后将尝试安装该软件包。还将确保软件包安装在默认位置，从那里可以尝试加载软件包，我相信

/usr/local/lib/R/site library

试试看它是否有效。如果不是这样，我也会尝试另一种方法来愚弄R，将我在

/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0中安装的软件包作为root复制到
/usr/local/lib/R/site library
，看看这是否有帮助

祝你好运（！！！）终于解决了这个问题。安装Apache2时，mongodb和R的install.packages（）命令之间存在冲突（通过lamp，我尚未确认其他安装）。为了解决这个问题，你就跑吧

sudo service mongodb stop

然后进入R并安装软件包。安装所需的软件包后，可以重新启动mongo服务器。希望这对别人有帮助。要复制“错误”（我知道，我知道-不是真正的错误），请使用以下配置在EC2上创建一个框（尽管我认为问题不是EC2独有的）：

#install mongodb:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv 7F0CEB10
echo 'deb http://downloads-distro.mongodb.org/repo/ubuntu-upstart dist 10gen' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/10gen.list
sudo apt-get update
sudo apt-get install mongodb-10gen

#install lamp server:
sudo tasksel #get lamp and openssh 

#install R
sudo nano /etc/apt/sources.list   
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo R

R内：

安装.packages（“dataview”）#或任何软件包

软件包将下载，但不会像上面原始帖子中提到的那样安装

要解决此问题，只需停止shell上的mongo服务器

sudo service mongodb stop

返回R并安装软件包，然后返回shell并重新启动服务器。任何关于引起冲突的原因的说明（或者通常是调试此类问题，而不是在整个过程中一步一步地重新尝试命令）都将不胜感激。请注意，如果只有mongodb服务器在未安装Apache的情况下运行，install.packages（）命令可以正常工作，但停止Apache服务器并不能解决冲突

作为参考，这是一个Ubuntu 12.04 64位实例，带有R3.0.2、Mongodb-10gen和Apache2。
这是我下面答案的注释，但太长了，无法放入注释中。这个问题比我想象的要复杂一点。如果加载了lamp，那么您需要停止mysql，以便在R中运行任何系统命令（因此install.packages（）没有解包，尽管还不清楚为什么下载可以正常工作-在开源的joys下的文件）。一个相关的问题。也就是说，您只需安装R+lamp就可以复制这个问题（我也在运行RStudio服务器，它可能会在其中发挥作用，但我不知道它会做什么）。如果mysql服务正在运行，则在R启动时会弹出以下错误

Error in system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE) : 
cannot popen '/usr/bin/which 'pdflatex' 2>/dev/null', probable reason 'Cannot allocate memory'

（顺便说一句，这不是内存不足问题，因为服务器上有大量内存）。如果您需要运行lamp服务器（和/或apache2上的其他服务），我的建议是从命令行（而不是tasksel，请参见下文）进行安装（当然要确保采取安全预防措施（！）

然后

sudo service mysql stop

如果您需要在R.I中运行系统命令，则在安装tasksel lamp软件包并添加用户后，无论我停止了哪些服务，实际上都无法再次让R会话安装.packages（）。类似地，如果您运行了mongo或其他服务器，也需要停止它们

希望这能帮某人省去一些悲伤。同样，如果有人能说明这里的根本问题是什么，我将非常感激——我非常希望能够在执行复杂的R命令的同时运行mysql服务

同样，使用R3.0.2、apache2和ubuntu 12.04。我还在Ubuntu13.10中复制了这个问题，只是想看看这是否有帮助（它没有）
 我在CentOS上遇到了这个问题，最终对我起作用的是：

创建一些目录，比如说
/data/Rpackages
，然后让R通过运行

install.packages("RMySQL", destdir="/data/Rpackages/")

然后手动脱机安装软件包（请注意，如果前面的命令下载了其他依赖软件包，您也必须按顺序安装这些软件包）：

好的，所以我遇到了同样的问题。。。确保为虚拟机分配足够的内存。Vagrant的默认VM内存为512m。。。增加到2048m，一切都会正常工作

我在我的vagrant文件中使用它来增加内存：

  config.vm.provider "virtualbox" do |vb|
    # Use VBoxManage to customize the VM. For example to change memory:
    vb.customize ["modifyvm", :id, "--memory", "2048"]
  end

当我在Ubuntu 12.04上安装R Server时，我忘记设置交换：

当我根据上面的教程设置swap时，它允许我安装R包。这可能是您遇到的问题
 在AWS的Ubuntu服务器14.04 LTS上也有同样的问题。。。t1.micro实例，具有600MB可用内存。。。。因此，如上文所述，我们增加了额外的交换空间，它开始正常工作

在EC2实例上添加交换空间的解决方案如下所述：
这听起来可能很傻，但。。。更新操作系统后是否重新启动？我在我的远程Ubuntu机器上有完全相同的“症状”。嘿，肯，谢谢你的主意。我尝试重新启动，但它仍然有相同的问题。这真的是您在尝试安装时看到的所有文本吗？在上一次“下载10kb”之后，它应该做的下一件事是
*安装*source*包'xtermStyle'
，然后至少尝试安装。你什么都没有？这是所有的文字，但我熟悉install.packages（）的正确输出。无论如何，
install.packages(repos=NULL, pkgs="/data/Rpackages/DBI_0.2-7.tar.gz")
install.packages(repos=NULL, pkgs="/data/Rpackages/RMySQL_0.9-3.tar.gz")

  config.vm.provider "virtualbox" do |vb|
    # Use VBoxManage to customize the VM. For example to change memory:
    vb.customize ["modifyvm", :id, "--memory", "2048"]
  end