用于pubmed数据挖掘的Entrez和RISmed库

用于pubmed数据挖掘的Entrez和RISmed库,r,genetics,pubmed,R,Genetics,Pubmed,我用这个“RISmed”库对我感兴趣的基因或蛋白质进行查询,结果基本上是pubmed ID,但大多数情况下,它也包含我不感兴趣的非特异性点击。由于我只能看到pubmed ID,因此我必须手动将返回的ID放入NCBI中搜索,以查看该论文是否符合我的兴趣 问题:是否有一种方法可以返回论文摘要或摘要类及其Pumped ID(可在R中实现) 如果有人能帮忙,那就太好了 使用手册中我们需要的EUtilsGet功能 library(RISmed) search_topic <- 'copd' sea

我用这个“RISmed”库对我感兴趣的基因或蛋白质进行查询,结果基本上是pubmed ID,但大多数情况下,它也包含我不感兴趣的非特异性点击。由于我只能看到pubmed ID,因此我必须手动将返回的ID放入NCBI中搜索,以查看该论文是否符合我的兴趣

问题:是否有一种方法可以返回论文摘要或摘要类及其Pumped ID(可在R中实现)

如果有人能帮忙,那就太好了

使用手册中我们需要的
EUtilsGet
功能

library(RISmed)

search_topic <- 'copd'
search_query <- EUtilsSummary(search_topic, retmax = 10,
                              mindate = 2012, maxdate = 2012)
summary(search_query)

# see the ids of our returned query
QueryId(search_query)

# get actual data from PubMed
records <- EUtilsGet(search_query)
class(records)

# store it
pubmed_data <- data.frame('Title' = ArticleTitle(records),
                          'Abstract' = AbstractText(records))
库(RISmed)

搜索主题当我试图问一个新问题时,我收到了这样一条信息“我不再允许问问题”,但我确实从这个论坛本身问了关于维恩图的问题。你能告诉我我应该做什么或修改什么,这样我才能问问题吗?@Krushnachhandra很难猜测,可能是你问了太多低质量的帖子——它们被否决、关闭、删除等等。可能是临时自动暂停。请参阅相关的元帖子-“应该是你问了太多低质量的帖子-他们被否决、关闭、删除了”在这个论坛中,我在venn图表中问的最后一个问题相关..你可以检查,没有这样的问题..但是谢谢你的澄清,我将等待。如果你看一看,我将非常高兴