R：（Pegas）单倍型问题-（错误：'；h'；必须属于单倍型'；类）

我最近开始查看单倍型数据，我正在处理来自1000基因组项目的数据，并试图用R中的Pegas包对其进行操作。到目前为止，我已经做到了：

library(pegas)
a <- "ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/release/20130502"
b <- "ALL.chrY.phase3_integrated_v1b.20130502.genotypes.vcf.gz"
url <- paste(a, b, sep = "/")
download.file(url, "chrY.vcf.gz")
(info <- VCFloci("chrY.vcf.gz"))
SNP <- is.snp(info)
X.SNP <- read.vcf("chrY.vcf.gz", which.loci = which(SNP))
h <- haplotype(X.SNP, 6020:6030)
net <- haploNet(h)
plot(net)

它显然分配了19个单倍型。数据的呈现方式一定有问题。有什么建议吗？关于Pegas以及如何使用Pegas处理VCF文件的资料也很少。有谁知道一个好的资源（网页或书籍）来获取关于如何从VCF文件处理单倍型的信息吗？它甚至不必是Pegas的，任何R库都可以，或者Python。。。什么都可以

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感谢您的帮助，Peter

这是一个预期的结果：目前haploNet（）仅适用于由DNA seqs（类“DNAbin”）生成的类“单倍型”。read.vcf（）的输出属于类“locis”，而haplotype（）是处理这两个类的通用函数

如果您只使用SNP，您可以通过以下方式避免这种情况：

class(h) <- NULL
h <- as.DNAbin(h)

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class（h）我知道这是一篇老文章，但如果其他人也提出同样的问题，我已经找到了解决这个问题的方法。使用打包“vcfR”，您可以使用read.vcfR（）读入vcf，然后使用vcfR2DNAbin（）将其转换为DNAbin。在DNAbin上使用haplotype（）会导致类“haplotype”而不是“haplotype.loces”。
我建议直接联系软件包作者（上的联系信息）。无论出于何种原因，
haplotype.loces
对象和
haplotype
对象和
haploNet
想要后者，但
read.vcf
返回触发位点版本。感谢您的回答！我尝试了上面列出的解决方案，但它似乎没有正确读取haplotype.loces对象<编码>>h

11个二进制格式的DNA序列存储在矩阵中。

所有长度相同的序列：19个标签：
Base composition:
`a c g t`
NaN
它似乎是按行而不是按列读取序列。
class(h) <- NULL
h <- as.DNAbin(h)