带有分类变量总计的GTR汇总行

我有一个大约700000名患者的数据集，其中我有医院站点ID（因子变量）。我想创建一行，其中医院的数量是可见的（这与患者的数量是分开的）。除了一个整体列之外，我还有3个分类变量作为我的列

目前，每个医院id都有一个单独的行，其中包含每个类别的每个站点的患者数量

我的代码如下：

t1 <- PIR %>% 
  select(siteidn, countryname) %>% 
    tbl_summary(by = countryname ,missing = "no",
                label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),
            statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>%
  bold_labels() %>% 
  italicize_levels() %>% 
  add_overall()

t2 <- PIR %>% 
  select(siteidn, hospt) %>% 
    tbl_summary(by = hospt ,missing = "no",
                label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),
            statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>% 
      bold_labels() %>% 
      italicize_levels()

t3 <- PIR %>% 
  select(siteidn, iculevelname) %>% 
    tbl_summary(by = iculevelname ,missing = "no",
                label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),
            statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>% 
      bold_labels() %>% 
      italicize_levels()

tbl_merge(
  tbls = list(t1, t2, t3),
  tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**", "**ICU Level**"))

t1%
选择（siteidn，countryname）%>%
tbl_摘要（by=countryname，missing=“no”，
标签=列表(
siteidn=“ICU数量”），
统计=列表(
all_continuous（）~“{mean}（{sd}）”，
all_category（）~“{n}（{p}%）”）%%>
粗体标签（）%>%
斜体字_levels（）%>%
添加_整体（）
t2%
选择（站点ID，hospt）%>%
tbl_摘要（by=hospt，missing=“否”，
标签=列表(
siteidn=“ICU数量”），
统计=列表(
all_continuous（）~“{mean}（{sd}）”，
all_category（）~“{n}（{p}%）”）%%>
粗体标签（）%>%
斜体字_levels（）
t3%
选择（siteidn，IllevelName）%>%
tbl_摘要（by=iculevelname，missing=“no”，
标签=列表(
siteidn=“ICU数量”），
统计=列表(
all_continuous（）~“{mean}（{sd}）”，
all_category（）~“{n}（{p}%）”）%%>
粗体标签（）%>%
斜体字_levels（）
待合并(
tbls=列表（t1、t2、t3），
tab_扳手=c（“**国家**”，“医院类型**”，“重症监护病房级别**”））

这将生成下表：

可以看出，每个医院ID都有一个单独的行。我希望有一个单独的行，其中有每层医院的总数（即澳大利亚、新西兰、大都会等的医院总数）

我的问题是：

是否有方法获取非患者编号的因子变量的总行

是否可以在合并表格后插入一个总列（这样总列就不会在国家标题下）

是否有办法为患者数量创建一行，而不在标题中包含这些详细信息

谢谢大家抽出时间

本

ADDIT:这是我想要的桌子的图片。我为它的粗鲁道歉。我希望ICU总数的因子变量只有一行，而不是每个ICU都有一行患者数量（红色墨水）

此外，是否有一种方法可以将这两行分组到一个公共标题下，类似于因子变量（绿色墨水）

我很欣赏我的R技能是粗鲁的。谢谢大家的耐心

本

---

我同意Ben的观点，最好包含一个我们可以在机器上运行的数据集，以及一个您希望输出的示例。下面是一个解决大多数问题的代码示例

是否有方法获取非患者编号的因子变量的总行

我不知道你在这里找什么。请提供更多细节

是否可以在合并表格后插入一个总列（这样总列就不会在国家标题下）

是的，您可以使用

modify\u span\u header（）

函数删除整个列上方的标题

是否有办法为患者数量创建一行，而不在标题中包含这些详细信息

是的，如果您在数据集中创建了一个新列，该列适用于所有观察结果，我们可以汇总该列并报告N

此外，如果只对单个变量进行交叉制表，则应查看

tbl\u cross（）

函数。它会自动添加总行数

库（gtsummary）
图书馆（tidyverse）
种子集（20210108）
#创建虚拟数据集
PIR%系数（），
countryname=样本（c（“新西兰”、“澳大利亚”），100，替换为真）%>%因子（），
hospt=样本（c（“地铁”、“农村”），100，替换为真）%>%因子（），
病人=真的
) %>%
分组人（站点ID）%>%
变异(
count_site=行数（）=1L#每个站点一个TRUE
) %>%
解组（）%>%
标签：：设置变量标签（siteidn=“ICU数量”，#分配标签
病人=“N”）
t1%
选择（患者、站点ID、国家名称）%>%
tbl_摘要(
by=countryname，
missing=“否”，
statistic=patient~“{n}”#仅打印顶行的n
) %>% 
修改_头（stat_by=“**{level}**”）%%>%#从头行中删除Ns
添加整体（列标签=“**整体**”）
t2%
选择（患者、站点ID、医院）%>%
tbl_摘要(
by=hospt，
missing=“否”，
statistic=patient~“{n}”#仅打印顶行的n
) %>%
修改标题（stat_by=“**{level}**”）#从标题行中删除Ns
待定%
粗体标签（）%>%
斜体字_levels（）%>%
#删除整个列的扩展标题，使用“显示标题名称（tbl）”打印列名
修改标题（stat\u0\u1~NA）%>%
修改脚注（everything（）~NA）#删除脚注，因为它在此设置中不提供信息

编辑：在对原始海报进行澄清后，添加另一个如何展示Ns的示例

下表显示了两种显示患者Ns和站点数量的方法。第一行是两行两个变量，最后一行是在一行上显示信息的方式

t1%
选择（患者，仅站点=计数站点，组合=计数站点，国家名称）%>%
tbl_摘要(
by=countryname，
missing=“否”，
统计=列表（c（仅限患者、站点）~“{n}”，
组合~“站点N{N}；总N{N}”）
)

我同意本的观点，永远是g