如何使用R中的IGRAPHE计算加权度分布？

考虑一个数据帧

df

，其中前两列是节点对，后续列

V1

，

V2

，…，

Vn

表示节点之间的流（可能为0，表示该列的网络没有边缘）。我想使用流量作为权重，对度、社区检测和其他网络度量进行分析

然后根据

V1

I中的权重分析图表：

# create graph and explore unweighted degrees with respect to V1
g <- graph.data.frame( df[df$V1!=0,] )
qplot(degree(g))
x <- 0:max(degree(g))
qplot(x,degree.distribution(g))

# set weights and explore weighted degrees using V1
E(g)$weights <- E(g)$V1
qplot(degree(g))

---

我一定是设置了错误的权重，做

E（g）$weights函数
图是不够的。可以用
weights
参数给strength
一个权重向量。我认为代码中的错误在于，您应该调用权重属性
E（g）$weight
而不是
E（g）$weights
我为自己的代码创建了一个等价的
degree.distribution
加权图函数，方法是采用
degree.distribution
代码并进行一个更改：

graph.strength.distribution <- function (graph, cumulative = FALSE, ...)
{
  if (!is.igraph(graph)) {
    stop("Not a graph object")
  }
  # graph.strength() instead of degree()
  cs <- graph.strength(graph, ...)
  hi <- hist(cs, -1:max(cs), plot = FALSE)$density
  if (!cumulative) {
    res <- hi
  }
  else {
    res <- rev(cumsum(rev(hi)))
  }
  res
}

graph.strength.distribution重新定义
g$weights
和
E（g）$weights
之间的差异：
g$weights
查找名为
weights
的图形属性，
E（g）$weights
查找名为
weights
的边属性。顺便说一句，还有
V（g）$weights
，它查找名为
weights
的顶点属性。graph.strength文档（现在有问题的链接）表明它查找名为weight的图形属性，但是在我的示例中，一旦我将类型固定为E（g）$weight，
graph.strength
就会按预期工作。为什么？它是否先搜索graph属性，然后搜索edge属性？查找graph属性没有意义，因为这样的属性将附加到graph本身，而不是单个边<代码>图形。强度
仅查找边缘属性。文档中说“如果图形有一个
权重
边属性…”，那么我想很明显这里需要一个边属性。好的，我最终会学会阅读。谢谢这确实很有用。你介意把它也添加到
igraph
wiki吗？这是指向相应wiki页面的链接：
graph.strength.distribution <- function (graph, cumulative = FALSE, ...)
{
  if (!is.igraph(graph)) {
    stop("Not a graph object")
  }
  # graph.strength() instead of degree()
  cs <- graph.strength(graph, ...)
  hi <- hist(cs, -1:max(cs), plot = FALSE)$density
  if (!cumulative) {
    res <- hi
  }
  else {
    res <- rev(cumsum(rev(hi)))
  }
  res
}