如何在shell脚本中运行R代码？

我有一个R文件（myfile.R）。我想使用shell脚本运行它。我该怎么做？ 我试过这个：

#! /bin/bash
Rscript myfile.R

#! /bin/bash
R --not-save-- < myfile.R 

但它给了我一个错误：Rscript:command未找到

我也试过：

#! /bin/bash
Rscript myfile.R

#! /bin/bash
R --not-save-- < myfile.R 

#/bin/bash
R--不保存--

它还提供了以下错误：未找到R:command

最好的方法是什么？

不写shell，而是写R脚本。这就是

Rscript

的用途，我们的软件包甚至在此之前就提供了

/usr/bin/r

那就这么做吧

 #!/usr/bin/Rscript

 cat("Hello, world\n")
 # rest of your code below 

或使用

 #!/usr/bin/r

我有多个cron工作在做这件事

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这显然是假设您在

/usr/bin

中有

Rscript

或

r

，就像您在常规Debian或Ubuntu设备上一样。

我想您需要的是批处理模式。您可以这样做：

R CMD BATCH [options] infile [outfile] &

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您可以阅读有关批处理模式的更多信息

这在Windows上的Cygwin中适用于我：

#!/cygdrive/c/Progra~1/R/R-3.3.0/bin/x64/Rscript.exe

# dummy example

cat("Hello StackOverflow\n")

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用命令

R

启动R，然后添加您的代码

user@ubuntu:~/RCode/RCode$ R
> source("data_acquisition.R")
> load_libraries()
> df <- acquire_nps()
> head(df)
...

user@ubuntu：~/RCode/RCode$R
>来源（“data_acquisition.R”）
>加载库（）
>测向头（df）
...

考虑到您已经在机器上安装了R（基于Linux），我觉得下面是在sh文件中运行R的步骤

操作系统：Mac操作系统（莫哈韦版本）

R版本：3.6

步骤1：我已使用brew在mac电脑中安装了R

$brew安装r（--这将在您的计算机中安装最新的r-）

步骤2：创建示例sh文件。（startR.sh）

$touch startR.sh

步骤3：将以下内容复制到startR.sh文件中

$vim startR.sh

（粘贴以下内容）

（--我创建了名为sample.R的简单R文件，其内容如下--）

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sayHello格式在那里起了作用。很可能R不在PATH环境变量中。只需键入

R

即可从命令行运行R吗？

bash

是您的默认shell吗？