knitr：如何在不使用setwd（）的情况下在knit2html中设置地物路径？

我在一个项目文件夹中工作，假设它的绝对路径是：

/project

getwd（）

告诉我我在这个项目文件夹中。我的所有文件读取和写入都与此项目根相关

/project

有一个子文件夹

/project/docs/

，其中有一个R Mardown文件和一个R脚本：

报告。Rmd

包含：

```{r }
plot(cars)
```

library(knitr)
knit2html("./docs/report.Rmd", "./docs/report.html")

和

knit\u报告。R

包含：

```{r }
plot(cars)
```

library(knitr)
knit2html("./docs/report.Rmd", "./docs/report.html")

---

如果运行

knit_reports.R

，将生成一个html页面，但页面上不会显示图形

问题是图形存储在

/project/figures

下。它们在生成html文档时不可见。我正在寻找一种方法，告诉knitr将图片存储在

/project/docs/figures

下

在

report.Rmd中设置knitr options root.dir或base.dir无法解决问题，我尝试了
选择knit$set（root.dir=“./docs”）
或
选择knit$set（base.dir=“/project/docs”）

但是，如果我将工作目录更改为
/project/docs
：

setwd("./docs/")
knit2html("report.Rmd", "report.html")

将创建一个
/project/docs/figure
文件夹，图形将显示在html页面上

许多人说在脚本中使用setwd（）是不好的，因为它会破坏再现性。我如何告诉knitr在不使用setwd（）的情况下将图形放置在我的项目子文件夹中？
看看这个。特别是，您有两个选择

使用
fig.path
设置相对于工作目录的绘图目录（或）
使用
base.dir
设置保存绘图的绝对目录
我认为（2）在您的环境中可能是更好的解决方案。不要在
knitr
文档中使用
setwd（）
，因为这不是保持文档可复制性的好做法。
Ramnath对set base.dir的回答是好答案。但一开始我认为应该在Rmd块中设置选项，但这不起作用。该选项应在R脚本中设置。我想这是一个范围问题

因此，在我上面的示例中，knit_reports.R应该包含：

library(knitr)
opts_knit$set(base.dir = 'docs') # Change the base dir where to save figures
knit2html("./docs/report.Rmd", "./docs/report.html")

我想补充一点，如果在knit2html中指定不同的输出目录，您可能会遇到问题，因为figure文件夹保存到原始目录中。那么，至少根据我的经验，html文件将不包含您的绘图。所以：正如其他地方提到的。尽量不要更改输出目录
谢谢您的回答，我尝试了这些选项，但它们在我的情况下不起作用。我在上面给出了一个最小的可重复的例子。只是为了澄清：
setwd（）
只有在计算开始后才是坏的。它并非天生邪恶。相反，最好先
setwd（）
。之后，您假设所有内容都与当前工作目录相关，这将使您的生活更加轻松。设置
knit（）
或
knit2html（）
的
output
参数几乎总是一个坏主意。嗯，我承认这是我作为软件包作者的头痛。我鼓励您只需
setwd（“./docs/”）；knit2html（“report.Rmd”）
，您将获得
report.html
。感谢易慧的评论。我发现使用
opts\u knit$set（base.dir='docs'）
可以解决我的问题。起初，我尝试在Rmd文档的块选项中设置
base.dir
。这不管用。但是在R脚本
knit_reports.R
中设置
base.dir
选项确实有效，并解决了我的问题：-）我认为在Rmd文档中移动
opts_knit$set（…）
并将其放置在第一个代码块中也应该有效。在任何情况下，@yihui在Rmd文件所在的目录中运行
knitr
的注释都是非常有用的。在Rmd文档的第一个代码块中设置opts_knit$set（…）对我来说不起作用。请告诉我，如果您尝试在系统上使用上述2个文件，会发生什么情况。由于某些原因，.tex文档在生成文件时没有使用正确的目录。它们都只是
figure/image\u文件名
，而不是
base.dir/figure/image\u文件名
。