R pheatmap比例与pheatmap之前的比例不同

打印前缩放时的热图：

mat_scaled <- scale(t(mat))
pheatmap(t(mat_scaled), show_rownames=F, show_colnames=F,
         border_color=F, color=colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12))

其中比例设置为[-6,6]。

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为什么会有这种差异？我如何获得第二幅图中表示的矩阵？

在第二幅图中，您使用

pheatmap

的

scale=“row”

选项绘制缩放矩阵的热图 这不是比较外部和内部缩放的正确方法。
以下是解决方案：

library(gridExtra)
library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
cols <- colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12)
brks <- seq(-3,3,length.out=12)  
data(attitude)
mat <- as.matrix(attitude)

# Scale by row
mat_scaled <- t(scale(t(mat)))

p1 <- pheatmap(mat_scaled, show_rownames=F, show_colnames=F, 
         breaks=brks, border_color=F, color=cols)

p2 <- pheatmap(mat, scale="row", show_rownames=F, show_colnames=F, 
         breaks=brks, border_color=F, color=cols)

grid.arrange(grobs=list(p1$gtable, p2$gtable))

库（gridExtra）
图书馆（pheatmap）
图书馆（RColorBrewer）
如果你能给出一个可重复的例子（见这里-），那将是很有帮助的。
library(gridExtra)
library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
cols <- colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12)
brks <- seq(-3,3,length.out=12)  
data(attitude)
mat <- as.matrix(attitude)

# Scale by row
mat_scaled <- t(scale(t(mat)))

p1 <- pheatmap(mat_scaled, show_rownames=F, show_colnames=F, 
         breaks=brks, border_color=F, color=cols)

p2 <- pheatmap(mat, scale="row", show_rownames=F, show_colnames=F, 
         breaks=brks, border_color=F, color=cols)

grid.arrange(grobs=list(p1$gtable, p2$gtable))