render（）无法在容器化应用程序中将.Rmd转换为.pdf

我正在docker容器中运行一个闪亮的应用程序。该应用程序从Google Analytics中提取/处理数据，将这些数据传递到

.Rmd

文件中，将该文件编织成beamer演示文稿，然后提供该文件供下载。docker映像正在运行

Rv3.4.4.

和

rmarkdown v1.10

。除了最后一步，我使用

render（）

将

.Rmd

编织成一个

.pdf

，应用程序正常工作

pdflatex

已安装并可在我的容器中访问：

root@de4bd1ee457a:/# pdflatex
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (TeX Live 2017) (preloaded format=pdflatex)
 restricted \write18 enabled.

我的

sessionInfo（）

服务器日志：

Listening on http://127.0.0.1:45211
2018-08-07 13:49:19> No scopes have been set, set them via 
options(googleAuthR.scopes.selected) - 
  no authentication attempted.

Attaching package: ‘dplyr’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

  filter, lag

The following objects are masked from ‘package:base’:

  intersect, setdiff, setequal, union

2018-08-07 13:49:20> Default Google Project for googleAnalyticsR is now set.  
This is shared with all googleAnalyticsR users. 
If making a lot of API calls, please: 
  1) create your own Google Project at https://console.developers.google.com 
2) Activate the Google Analytics Reporting API 
3) set options(googleAuthR.client_id) and options(googleAuthR.client_secret) 
4) Reload the package.
2018-08-07 13:49:20> Set API cache
2018-08-07 13:49:20> No environment argument found, looked in GA_AUTH_FILE

Attaching package: ‘jsonlite’

The following object is masked from ‘package:shiny’:

  validate

2018-08-07 13:49:36> Downloaded [5045] rows from a total of [5045].


processing file: GA_report.Rmd
`geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
`geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
`geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
`geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
output file: GA_report.knit.md

我已验证是否成功创建了

GA_report.knit.md

（以及

.Rmd

文件中的所有图形）。在

R

会话的容器中，我可以在

..knit.md

文件上运行

render（）

，并创建最终的beamer演示文稿

.pdf

。只是，

*.knit.md

转换为

.pdf

并提供下载的最后一步失败了

当我查看包含

.Rmd

文件的

目录时，没有
.tex
文件，只有
GA_report.knit.md
和
GA_report.utf8.md

my
.Rmd

---
output: 
  beamer_presentation:
    theme: "SwCustom"
title: "`r paste0('Draft report: ', params$client)`"
date: "`r Sys.Date()`"
toc: FALSE
classoption: aspectratio=169
editor_options: 
  chunk_output_type: console
params:
  data: NA
  client: NA
---

render（）
语句

render("report/GA_report.Rmd", 
       output_format = "all",
       output_file = file, 
       params = params, 
       envir = new.env(parent = globalenv()), 
       clean = FALSE, 
       quiet = FALSE)

我的自定义beamer主题可以在容器中访问

root@de4bd1ee457a:/# kpsewhich beamerthemeSwCustom.sty
/opt/TinyTeX/texmf-dist/tex/latex/beamer/beamerthemeSwCustom.sty

这到底是怎么回事？在完成文件时，似乎所有的迹象都应该指向“是”，但我不知道问题出在哪里
 我认为这与服务器中的最大超时错误有关。我的docker容器正在运行Shinny Server，这表明Shinny Server中的
downloadHandler（）
中存在硬编码超时。由于我的
.Rmd
文件相当大，因此转换为
.pdf
比自动超时需要更长的时间。由于
downloadHandler（）
从未提供我期望的下载内容，因此我将取消该过程，并且最终的
.pdf
从未创建

我的解决方案是重构我的应用程序，使其包含两个按钮，一个用于生成报告，另一个用于下载报告。通过允许在
downloadHandler（）
之外编织
.Rmd
，这绕过了
downloadedHandler（）的硬编码超时
 pandoc是否安装在容器中。据我所知，knit to pdf需要它，但不确定它是否能解决安装了pandoc的问题。至少，当我查看
pandoc--version
时，我得到了
pandoc1.19.2.1
。
root@de4bd1ee457a:/# kpsewhich beamerthemeSwCustom.sty
/opt/TinyTeX/texmf-dist/tex/latex/beamer/beamerthemeSwCustom.sty