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R 有没有办法从Monocle中的伪时间图中检索坐标？

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R 有没有办法从Monocle中的伪时间图中检索坐标？,r,coordinates,R,Coordinates,我想对使用Bioconductor的软件包Monocle创建的一些pseudotime图进行进一步分析 为此，我想检索坐标。我知道可以使用gatepoints包进行散点图，但这对伪时间图有效吗 打印的数据必须采用矩阵或数据框格式才能工作。e、 g.见下面的代码。我只是不确定使用Monocle的pseudotime绘图的内置绘图格式是什么 a <- data.frame(pseudotime = c (1:11), gene_expression = c(0,1,4,9,16,25,36,4

我想对使用
Bioconductor
的软件包Monocle创建的一些
pseudotime
图进行进一步分析

为此，我想检索坐标。我知道可以使用
gatepoints
包进行散点图，但这对
伪时间
图有效吗

打印的数据必须采用矩阵或数据框格式才能工作。e、 g.见下面的代码。我只是不确定使用Monocle的
pseudotime
绘图的内置绘图格式是什么

a <- data.frame(pseudotime = c (1:11), gene_expression = c(0,1,4,9,16,25,36,49,64,81,100))
plot(a)
selectedPoints<-fhs(a)

aMonocle使用ggplot2，因此可以从plot对象获取数据。例如：


library（“单片眼镜”）
图书馆（“ggplot2”）
图书馆（“dplyr”）
去除4个异常值

非常感谢你，知道这个真的很有用！嗨，Alan，你知道我如何找到从绘制单个标记的表达式与伪时间的代码生成的最佳拟合曲线的坐标吗？i、 e.从以下函数：plot_genes_in_pseudotime（cds_子集，color_by=“Hours”）将此作为一个新问题提问，并附上一些示例代码。非常感谢：嗨，艾伦，你有时间帮我解答一个新问题吗？