R DESeq2"；不允许使用NA值”；当any（is.na（counts））=FALSE时出错

我有一个计数矩阵，里面有NA值

我使用

counts[is.na(counts)] <- 0

我得到了错误

Error in validObject(.Object) : invalid class “DESeqDataSet” object: NA values are not allowed in the count matrix

这看起来很清楚，但我不明白，因为我把所有的NA值都设置为0，现在如果我这样做了

any(is.na(counts))

我猜错了

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非常感谢您的帮助，谢谢

如果您只有NAs，它应该可以工作

library(DESeq2)

counts = matrix(rnbinom(1000,mu=50,size=1),100,10)
colnames(counts) = paste0("c",1:10)
counts[sample(length(counts),10)] = NA
counts[is.na(counts)] <- 0

DESeqDataSetFromMatrix(counts, colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)

看起来是这样的：

converting counts to integer mode
Error in validObject(.Object) : 
  invalid class “DESeqDataSet” object: NA values are not allowed in the count matrix
In addition: Warning message:
In mde(x) : NAs introduced by coercion to integer range

出现错误是因为无法将大数字转换为整数：

max(counts)
[1] 8007375876

as.integer(max(counts))
[1] NA
Warning message:
NAs introduced by coercion to integer range 

这小于允许的最大值：

.Machine$integer.max
[1] 2147483647

出于分析目的，由于您对基因之间的差异更感兴趣，一种方法是缩小矩阵

DESeqDataSetFromMatrix(round(counts/2), colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)

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很可能是你的母体里有什么奇怪的东西。您可以执行

dput（头（计数，5））

并粘贴输出吗？或者做一个

str（counts）

并粘贴这是前几行结构（list（SP106993=c（7432131296207158638850827），SP106998=c（177012251235466241129265166216），SP107004=c（149155596111739052…和str（counts）str（LIRIJPRawCounts）“data.frame”：22913 obs.共445个变量：$SP106993:num 74 321312 96207 1586388 50827…$SP106998:num 1770 12251235 2546624 1129265 166216…$SP107004:num 1491 5559611 1739052 2319073 155238…您需要所有的行吗？看起来您有一个data.frame，但没问题，

表（sapply（data.frame（counts），class））

，都是数字吗？

.Machine$integer.max
[1] 2147483647

DESeqDataSetFromMatrix(round(counts/2), colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)