Rscript调用出错，但不是R IDE

我正在将SQLite数据库中的一些数据拉入R中的数据框中。其中一个字段是日期字段，在拉入R后显示为字符字段（使用sqldf包）：

我需要把它转换回日期在Rstudio中，将此列转换为日期可以正常工作，但在我将文件作为Rscript调用时则不行。

日期转换电话：

dat$as_date <- as.Date(dat$run_date)

Rstudio来电：

system(paste("Rscript my_file.R, 'my_thing'"))

错误消息（与Rstudio中的shell或Rscript调用相同）：

我已尝试提供具有相同结果的来源和格式：

dat$as_date <- as.Date(dat$dt, format = '%Y-%m-%d')
dat$as_date <- as.Date(dat$dt, origin="1970-01-01")

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日期字段在R之外的行为与预期一致（例如，使用SQL和python）。

一个典型的区别是

Rscript

不加载（内置）方法包。 因此，我的第一个建议是在脚本顶部添加一个

库（“方法”）

仔细观察，情况并非如此：

edd@max:~$ Rscript -e 'print(as.Date("2014-01-07", format="%Y-%m-%d"))'     
[1] "2014-01-07"
edd@max:~$ 

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此外，您还有一个错误指示

为.Date.numeric

，这表明您可能在一种情况下给出了因子，而不是在另一种情况下给出了因子。考虑到我们没有您的脚本，很难说得更多。

事实证明，我的一个Rscript调用中有一个空格（例如，

Rscript my thing

），因此数据帧中没有数据，因此出现了

as.Date（）

错误

我能够模拟如下错误（道具到德克为原始）：

对于系统调用，我在Rscript调用中添加了shQuote（），解决了这个问题

my_thing = 'something with spaces'

system(paste("Rscript my_file.R, shQuote(my_thing)"))

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TLDR：错误在Rscript调用中，德克将问题分解为最简单的形式的建议是非常好的建议。

发布整个脚本。您没有提供足够的信息来诊断问题。

as.Date

函数是泛型函数，数值方法和字符方法有不同的参数。谢谢Dirk，我提供了更多的细节。我也注意到了

as.Date.numeric

，但无法说明为什么它会被用于似乎是字符向量的内容。请将其进一步隐藏。检索一些数据，对其执行

dput（）

，并简化脚本，直到没有错误——或者没有进一步的

library（）

调用。我们无法测试，因为我们没有您的数据库。谢谢，您的建议帮助我缩小了范围并解决了问题。我把它贴出来作为一个答案，以防有人遇到它。是的，当您将数字输入数据作为.Date（），则必须有一个来源。

dat$as_date <- as.Date(dat$dt, format = '%Y-%m-%d')
dat$as_date <- as.Date(dat$dt, origin="1970-01-01")

#!/usr/bin/R
suppressMessages(require(sqldf))
suppressMessages(require(dplyr))
suppressMessages(require(reshape2))

args <- commandArgs(TRUE)
THING <- args[1]
sq <- dbConnect(SQLite(), dbname="db2.sqlite3")

dat <- dbGetQuery(conn = sq, sprintf('select * from db_table where db_thing=%s', paste(shQuote(THING),collapse=",")))

dat <- filter(dat, !grepl('exclude', comment))

dat$the_date <- as.Date(dat$dt)

 'data.frame':  128 obs. of  2 variables:
 $ dt: chr  "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" ...
 $ comment : chr  "" "" "" "" ...

edd@max:~$ Rscript -e 'print(as.Date("2014-01-07", format="%Y-%m-%d"))'     
[1] "2014-01-07"
edd@max:~$ 

Rscript -e 'print(as.Date(0, format="%Y-%m-%d"))'

Error in as.Date.numeric(0, format = "%Y-%m-%d") : 
'origin' must be supplied
Calls: print -> as.Date -> as.Date.numeric
Execution halted

my_thing = 'something with spaces'

system(paste("Rscript my_file.R, shQuote(my_thing)"))