如何从data.frame中的cor.test()中提取p.value和估计值?
在本例中,我有来自50个不同站点的温度值,我想将Site1与所有50个站点关联起来。但是,我只想将data.frame中使用函数cor.test()生成的组件“p.value”和“estimate”提取到两个不同的列中 我已经做了我的尝试,它的工作,但我不知道如何! 出于这个原因,我想知道如何简化代码,因为问题是我必须运行两次“For”循环才能得到结果 以下是我的例子:如何从data.frame中的cor.test()中提取p.value和估计值?,r,for-loop,R,For Loop,在本例中,我有来自50个不同站点的温度值,我想将Site1与所有50个站点关联起来。但是,我只想将data.frame中使用函数cor.test()生成的组件“p.value”和“estimate”提取到两个不同的列中 我已经做了我的尝试,它的工作,但我不知道如何! 出于这个原因,我想知道如何简化代码,因为问题是我必须运行两次“For”循环才能得到结果 以下是我的例子: # Temperature data data <- matrix(rnorm(500, 10:30, sd=5),
# Temperature data
data <- matrix(rnorm(500, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")
# Extraction
for (i in 1:50) {
df1 <- cor.test(data[,1], data[,i] )
df[,2:3] <- df1[c("estimate", "p.value")]
}
for (i in 1:50) {
df1 <- cor.test(data[,1], data[,i] )
df[i,2:3] <- df1[c("estimate", "p.value")]
}
df
#温度数据
数据首先,我猜你的代码中有一个输入错误(如果你想要唯一的值,你应该有rnorm(5000
),否则你将在这500个数字中循环10次
无论如何,一个简单的方法是:
data <- matrix(rnorm(5000, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:50){
test <- cor.test(data[,1], data[,i])
estimates[i] = test$estimate
pvalues[i] = test$p.value
}
df$Estimate <- estimates
df$P.value <- pvalues
df
让它更简洁一点。首先,我猜你的代码中有一个输入错误(如果你想要唯一的值,你应该有rnorm(5000
),否则你将在这500个数字中循环10次
无论如何,一个简单的方法是:
data <- matrix(rnorm(5000, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:50){
test <- cor.test(data[,1], data[,i])
estimates[i] = test$estimate
pvalues[i] = test$p.value
}
df$Estimate <- estimates
df$P.value <- pvalues
df
为了让它更简洁一点。我还可以提供以下内容(屏蔽循环):
result我还可以提供以下内容(屏蔽循环):
结果与colemand77的答案相似:
创建一个cor函数:
cor_fun <- function(x, y, method){
tmp <- cor.test(x, y, method= method)
cbind(r=tmp$estimate, p=tmp$p.value) }
与colemand77的答案类似:
创建一个cor函数:
cor_fun <- function(x, y, method){
tmp <- cor.test(x, y, method= method)
cbind(r=tmp$estimate, p=tmp$p.value) }
你是对的!它是5000而不是500,但那只是一个随机值的例子。非常感谢你的帮助和建议!你是对的!它是5000而不是500,但那只是一个随机值的例子。非常感谢你的帮助和建议!
t(apply(data, 2, cor_fun, data[, 1], "spearman"))