R:显著性检验

R:显著性检验,r,function,graph,nodes,R,Function,Graph,Nodes,我试图使用我发现的一个函数来测试一个由igraph创建的对象的重要性 首先加载数据和库。然后,对数据执行聚类。最后,我使用我在网上找到的一个函数来计算聚类的重要性。然而,这是行不通的 有人能帮我理解为什么重要性测试的功能不起作用吗 library(igraph) library(igraphdata) data(karate) cfg <- cluster_fast_greedy(karate) plot(cfg, karate) a = induced_subgraph(kara

我试图使用我发现的一个函数来测试一个由igraph创建的对象的重要性

首先加载数据和库。然后,对数据执行聚类。最后,我使用我在网上找到的一个函数来计算聚类的重要性。然而,这是行不通的

有人能帮我理解为什么重要性测试的功能不起作用吗

library(igraph)
library(igraphdata)
data(karate)

cfg <- cluster_fast_greedy(karate)
plot(cfg, karate) 


a = induced_subgraph(karate, cfg[[1]])
    



#community significance test (http://igraph.wikidot.com/community-detection-in-r)

 community.significance.test <- function(graph, vs, ...) {
    if (is.directed(graph)) stop("This method requires an undirected graph")
    subgraph <- induced.subgraph(graph, vs)
    in.degrees <- degree(subgraph)
    out.degrees <- degree(graph, vs) - in.degrees
    wilcox.test(in.degrees, out.degrees, ...)
}

#test the significance of the first community

aa = community.significance.test(karate,a)

 Error in as.igraph.vs(graph, vids) : 
  'list' object cannot be coerced to type 'double' 
库(igraph)
图书馆(igraphdata)
数据(空手道)

cfg
vs
参数应该是顶点序列,而不是图形本身。调用函数的正确方法是
community.signification.test(空手道,cfg[[1]])
(但在本例中,由于关系
,您会遇到问题)。您可以使用
community.signity.test(空手道,cfg[[1]],exact=FALSE)关闭精确的pvalues)`谢谢!输出:带有连续性校正数据的Wilcoxon秩和检验:in.degrees和out.degrees W=312,p值=1.271e-06替代假设:真实位置偏移不等于0这意味着无效假设被拒绝,社区显著?这是我运行的代码:社区显著性检验(空手道,cfg[[1]],精确=假)@你对这个问题有什么想法吗?集群社区之间有内在联系吗?或者这些联系是任意的?OP问我第一个集群是否重要。对你得到了
p-value=1.271e-0
通常人们认为任何小于0.05的p都是显著的。