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R 校对从大型多文件Swave项目中衍生的书籍、论文或报告的PDF格式_R_Sweave - Fatal编程技术网

R 校对从大型多文件Swave项目中衍生的书籍、论文或报告的PDF格式

R 校对从大型多文件Swave项目中衍生的书籍、论文或报告的PDF格式,r,sweave,R,Sweave,我是可再生研究的忠实粉丝。 我经常使用make、swave、LaTeX和R生成大型研究报告(即大量的Sexpr()命令和大量的图表) 显然,R CMD swave在编译时识别R代码块中的某些错误。 但是生成的PDF仍然可能包含不希望的结果。 我有一些校对此类文件的策略,但我有兴趣向其他人学习 问题: 当涉及到基于大型多文件Swave项目制作PDF时,是否有人有任何与校对和质量控制相关的提示或技巧 您在生成PDF时遇到的最常见错误是什么 如何有效地识别生成的PDF中的错误 如何有效地在PDF和Rn

我是可再生研究的忠实粉丝。 我经常使用make、swave、LaTeX和R生成大型研究报告(即大量的
Sexpr()
命令和大量的图表)

显然,
R CMD swave
在编译时识别R代码块中的某些错误。 但是生成的PDF仍然可能包含不希望的结果。 我有一些校对此类文件的策略,但我有兴趣向其他人学习

问题:
  • 当涉及到基于大型多文件Swave项目制作PDF时,是否有人有任何与校对和质量控制相关的提示或技巧
  • 您在生成PDF时遇到的最常见错误是什么
  • 如何有效地识别生成的PDF中的错误
  • 如何有效地在PDF和Rnw源之间移动

  • 我不确定这是否是您正在寻找的,但如果您使用emacs、auctex和emacs统计数据,这些问题中的大多数问题都会变得不那么重要。它们都在linux存储库中可用,并且有一个预编译的二进制文件可用于Windows

    Emacs的主要优点是,您可以在一个窗口中使用R控制台,在另一个窗口中使用tex源代码,Emacs将在.Rnw文件中适当地突出显示LaTeX和R,这确实有助于我发现错误。您还可以评估R代码的小区域,预览TeX中的表格和其他对象。这肯定是一个学习曲线,但我已经使用了大约一个月,它已经使我在可复制的研究中提高了大约50%的生产率。一旦你知道了一些,键绑定是直观的,另一个优点是Emacs为几乎所有的编程语言提供了模式,这意味着花在学习如何使用它上的时间将一次又一次地得到回报。 更具体地说 1) Emacs在这里提供语法高亮显示和预览区域的帮助,以确保特定表的格式符合您的要求,没有丢失行或标签。 2) 我通常会犯拼写错误和包丢失错误,因为我倾向于对文档进行多次统计分析。 3) Emacs将发现任何编译错误,并且可以在编译整个文档之前对R代码进行单独测试。 4) 如果您使用命令swave(Alt+m,s),然后编译到LateX ctrl c(通常两次以获得正确的标签和Bibtex),另一个ctrl c将打开PDF以供查看(遗憾的是,默认情况下它不会在emacs中打开,但我想有人已经完成了一个包或脚本来启用它)

    我相信其他人可以举更多的例子来说明emacs对于这类工作的有用性,正如我所说的,我才刚刚开始使用它(但它远比我使用过的所有其他tex和R程序好——Technix center,kile,texmaker)


    我不推荐那些对R和LaTeX都不了解的人使用它,但如果你了解,它会使你的效率提高几个数量级

    我不确定当你指的是“校对”时,你到底在寻找什么,但我发现在LaTeX中,通常使用大量的
    \marginpar
    语句来记录任何问题,以便将来修复,效果很好。另一种方法是使用一个好的PDF阅读器将注释放入最终的PDF中,但是如果重新编译,注释就会消失

    对于那些因使用Emacs(不是开玩笑!)而永久性手部问题的人来说,Swave基于GUI的选项是Eclipse。它可以设置为对swave进行一键编译,进行适当的代码高亮显示,并具有常见的IDE特性。Eclipse还通过一个帮助校对的包提供拼写检查。不确定是否可以将拼写检查器设置为仅对乳胶部分进行校对,这将是最理想的


    RStudio也是一个新的但有趣的选择。

    好问题。一个人所看到的问题在很大程度上取决于他所做的工作。对我来说,最常见的非R问题是拼写错误、数字不正常、等式中有错误等等

    我所发现的最可靠、独立于平台且高效的错误捕获策略是频繁导出到PDF。工作一点;检查。再工作一点,再检查一次。是的,这对一个大项目来说太糟糕了。不过,像CacheSWave这样的工具也有帮助。底线——如果你在一个地方工作了2个小时,却发现了一个错误,那么追查它是没有乐趣的

    对于一个大型项目,当我在chunk 287(或其他什么)中遇到错误时,花点时间来纠结R代码会有帮助。从上下文中,我通常可以找出错误所在并快速导航到那里。另一个选择是命名代码块,但谁想给出591个名称呢

    对于方程/数学问题,具有在线预览功能的编辑器非常有用。LyX有这个,AUCTeX也有。这样,如果你在某个地方漏掉了一个斜杠或逗号,那么你会立即知道,因为预览被弄乱了。这节省了我无数的时间

    LyX不存在图像的内联预览(由Swave生成),但在组织模式下存在。出于同样的原因,这是一个非常非常强大的优势

    这些天我真的没有任何其他乳胶错误,因为LyX是WYSIWYM;它在没有我的情况下产生乳胶。组织模式在这方面也很好。AUCTeX和ESS都有帮助的工具,而且还可以(Rstudio看起来很相似)。我没有和Eclipse等玩过很多

    在不研究日志的情况下,很难注意到一些问题,比如页面上运行的URL(或表等)。经常使用PDF。工作和检查。这是最好的方法,除非有人用另一种眼光来审视


    顺便说一句,LyX spell用aspell检查了非LaTeX标记。

    确实如此……ebib看起来不错,但我遇到了一些设置问题—Semacs、Auctex和ESS听起来不错。我是科伦