R使用带LD函数的Tapply

我正在尝试使用genetics包中的LD（）函数执行链接不平衡计算。对于那些不知道的人，写的如下：

g1=genotype(a)
g2=genotype(b)
LD(g1,g2)

其中a和b是字符

考虑到这一点，我有一个包含4列和大量行的数据框架，我试图找到其中2列的LD。假设df$col3和df$col4代表上述示例中的a和b，我将如何执行计算

我正在考虑使用tapply，因为for循环将花费很长时间：

tapply(df$col3,df$col4,function)

问题是，我无法找到一种方法来为它们仅位于其中的特定行设置以下内容：

g1=genotype(row "n", col3)
g2=genotype(row "m", col4)

我知道“row'n'”不是实际有效的代码；我只是不知道该怎么形容它

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最后，我计划在设置g1和g2后运行LD计算，正如James在他的评论中所述，您可能需要

mapply

。我没有您的数据，但这应该可以：

mapply(
     function(a, b) LD(genotype(a), genotype(b)),
     a = df$col3,
     b = df$col4
)

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我创建了社区维基，因为答案是基于评论，而不是我的评论。

您能发布一些示例数据吗？LD功能在哪里？

tapply

对于这项工作来说是错误的工具，

mapply

可能更合适。但我仍然不清楚你期望的最终结果是什么。最终结果实际上是一个数字答案（我忘了补充说，我将为此制作另一个专栏）。不过谢谢，我会试试的。