从R执行Perl脚本

我需要执行一个Perl程序作为更大的R程序的一部分

R代码生成一系列具有不同扩展名的输出文件，例如

.out

或

.lis

我有一个将这些文件转换为CSV的Perl程序

我见过在R上执行Perl参数，但没有这种复杂性

@outfiles = glob( "*.lis" );

foreach $outfile ( @outfiles ) {

    print $outfile, "\n";

    $outfile =~ /(\S+)lis$/;
    $csvfile = $1 . "lis.csv";
    print $csvfile, "\n";

    open( OUTFILE, "$outfile" )  || die "ERROR: Unable to open $outfile\n";
    open( CSVFILE, ">$csvfile" ) || die "ERROR: Unable to open $csvfile\n";

    $lineCnt = 0;

    while ( $outline = <OUTFILE> ) {
        chomp( $outline );

        $lineCnt++;

        $outline =~ s/^\s+//;    # Remove whitespace at the beginning of the line
        if ( $lineCnt == 1 ) {
            $outline =~ s/,/\./g;    # Replace all the commas with periods in the hdr line
        }

        $outline =~ s/\s+/,/g;       # Replace remaining whitespace delimiters with a comma
        print CSVFILE "$outline\n";
    }

    close( OUTFILE );
    close( CSVFILE );
}

@outfiles=glob（“*.lis”）；
foreach$outfile（@outfiles）{
打印$outfile，“\n”；
$outfile=~/（\S+）lis$/；
$csvfile=$1.“lis.csv”；
打印$csvfile，“\n”；
打开（OUTFILE，“$OUTFILE”）| | die“错误：无法打开$OUTFILE\n”；
打开（CSVFILE，“>$CSVFILE”）| | die“错误：无法打开$CSVFILE\n”；
$lineCnt=0；
而（$outline=）{
chomp（$大纲）；
$lineCnt++；
$outline=~s/^\s+/；#删除行首的空白
如果（$lineCnt==1）{
$outline=~s/，/\./g；#将hdr行中的所有逗号替换为句点
}
$outline=~s/\s+/，/g；#用逗号替换剩余的空格分隔符
打印CSVFILE“$outline\n”；
}
关闭（输出文件）；
关闭（CSVFILE）；
}

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有没有办法将Perl代码集成到我的R代码中？我可以开发一个R程序来做同样的事情。但我不知道从哪里开始将

.lis

或

.out

文件转换为

.csv

使用R的系统调用调用：

my.seed <- as.numeric(try(system(" perl -e 'print int(rand(1000000))'", intern = TRUE))) #get random number :D

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my.seed添加shebang行（
#！/usr/bin/perl
）并使文件可执行。然后，它就变成了从R启动可执行文件的问题。这是生成CSV的可怕方式。使用Text:：csvxs。（如果输入是一个标签分隔的文件，你也应该使用Text:：csvxs来解析输入！）我的评论与你的问题无关，所以我不能详细说明。如果您想查看代码，可以在StackExchange网站上查看代码。“没有这么复杂的东西。”三十行！！