如何获得全球Fisher分数?
我想得到下面列表的fisher分数,就像按元素排序的数据一样。我很抱歉向这个社区提出这个统计问题。然而,我的数据包含3个GRanges对象的重叠显著性得分列表,我想通过元素来获得其全局fisher得分。我怎样才能在R里得到这个 这是我希望按元素获取其全局分数的数据: 可复制的示例包括: 要将数字(0)替换为0,请尝试以下操作:如何获得全球Fisher分数?,r,list,vector,bioinformatics,chi-squared,R,List,Vector,Bioinformatics,Chi Squared,我想得到下面列表的fisher分数,就像按元素排序的数据一样。我很抱歉向这个社区提出这个统计问题。然而,我的数据包含3个GRanges对象的重叠显著性得分列表,我想通过元素来获得其全局fisher得分。我怎样才能在R里得到这个 这是我希望按元素获取其全局分数的数据: 可复制的示例包括: 要将数字(0)替换为0,请尝试以下操作: v3 <- lapply(v3, function(x) { res <- ifelse(length(x)>0, x, 0) }) data
v3 <- lapply(v3, function(x) {
res <- ifelse(length(x)>0, x, 0)
})
data <- DataFrame(
v1=c(1e-22,1e-19,1e-18,1e-16,1e-24,1e-20, 1e-15),
v2=c(1e-24,1e-24,1e-20,1e-25,0.1,1e-19,1e-18),
v3=c(1e-11,1e-11,1e-10,numeric(0),numeric(0),1e-15,numeric(0)))
我知道fisher.test函数从基本包可以做fisher精确测试。但它需要矩阵作为输入,而我不能将数据作为矩阵。我将数据放入元素操作所需的格式中
我想通过元素来获得全局fisher分数。我怎样才能在R里得到这个?或者,如果我使用chisq.test,我如何通过元素方式获得上述数据表的卡方统计数据?如果有人能给我一些建议,我将不胜感激 这是使用fisher方法获得全局fisher分数的解决方案:
library(metap)
comb.pval <- suppressWarnings(
res <- apply(data[,1:3],1, function(ro) sumlog(ro)$p)
)
库(metap)
comb.pval这是使用fisher方法获得全局fisher分数的解决方案:
library(metap)
comb.pval <- suppressWarnings(
res <- apply(data[,1:3],1, function(ro) sumlog(ro)$p)
)
库(metap)
comb.pval是你的同班同学,他问道,虽然它有一个可复制的示例数据:我真的不知道,显然我无法获得足够的关于他的信息来知道ID。我看不到删除的问题,也不知道他得到的数据与我的相同。但是,当我实现自己的效用函数时,我面临着这个问题,需要解决这个问题。对我提出的问题有什么想法吗?Thanks@zx8754:正如你所建议的,我添加了可复制的示例。谢谢你的同学,尽管有一个可复制的示例数据:我真的不知道,显然我无法获得足够的关于他的信息来知道ID。我看不到删除的问题,也不知道他得到的数据与我的相同。但是,当我实现自己的效用函数时,我面临着这个问题,需要解决这个问题。对我提出的问题有什么想法吗?Thanks@zx8754:正如你所建议的,我添加了可复制的示例。谢谢
library(metap)
comb.pval <- suppressWarnings(
res <- apply(data[,1:3],1, function(ro) sumlog(ro)$p)
)