如果文件（.fasta）中的某个序列可以用“分隔”，那么如何在R中找到该序列-&引用；

我想在fasta文件中查找序列的位置，例如“ATGCTCGACTCCA”。 我已经找到了一种方法来实现这一点，我从这个问题中得到了以下功能：

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asdf您可以编写自己的简单代码来忽略“-”

以下是核心代码：

> temp = s2c(sequence)

> newsequence = c2s( temp[temp != "-"] )

c2s（）和s2c（）是来自“seqinr”包的函数

yo还可以使用R之外的其他软件包，如mummer或Blast+，以获得可读的输出

如果职位很重要，您可以使用下面的代码检索正确的索引：

> which(temp != "-")[i]    #put the the temp index instead of i 

使用
gsub
删除所有连字符。fasta中的核苷酸用
-
分隔？@AvinashRaj我无法删除连字符，因为我需要知道连字符在文件中的位置。@Pgibas它是两个文件的对齐方式。因此，如果一个文件中有一个插入项，那么另一个文件中会有一个“-”，但随后我得到了错误的位置。我需要所有连字符的序列位置。不客气，但如果你的工作是这些，你应该学习使用MUMMER和Blast+软件包，强大的基因组数据对齐工具这不是我的“工作”。我正在做一个比较基因的单身汉。我已经为此学习了R。我没有足够的时间学习MUMMER和Blast+我也是这个领域的新手，学习MUMMER和Blast很容易，不需要很多时间学习，只需安装软件包并尝试阅读它们的帮助，您只需使用WriteStringSet（）保存基因组数据并运行MUMMER和/或Blast，这些都是强大的工具“投票需要15个声望”-对不起，我只有8个><，但如果可以，我会投票
> which(temp != "-")[i]    #put the the temp index instead of i