R 从ensembl_gene_id获取hgnc_符号/gene_名称

我有以下代码（来自）：

如果我将此ID赋予getBM（），它将不返回任何内容

但是，如果我删除该点后的数字，该点如下：

"ENSG00000260727", "ENSG00000277521", "ENSG00000116514"

我得到了预期的结果

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有没有办法给gene_ID加上分数并得到预期的结果？

不是答案，但评论有点太长；如果认为不合适，乐意移除

简而言之，是的，您需要删除Ensembl基因名称的“点位”部分。这些数字表示与稳定的Ensembl标识符相关联的不同版本号

发件人：

当在两种符号之间重新分配稳定标识符时，我们可以选择性地选择增加使用稳定标识符分配的版本号。我们这样做是为了表明实体的潜在变化

对于基因（即形式为

ENSG*

）的Ensembl标识符），当链接到基因的转录本集发生变化时，版本号增加

这篇文章实际上是Biostars上一篇文章的翻版：；您应该看看这里讨论的一些R解决方案

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后记 与其使用Biomart，不如使用一些现有的。例如，看看

• 由约翰内斯·雷纳维护
• 余光创的功能。它曾经是一个独立的软件包，但被同一作者吸收到了

  clusterProfiler

  ，并提供了“通用生物ID转换器”功能

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为什么不在查询之前删除它们？请看和了解如何移除它们。是的，这是我目前所做的。这是在Biostars上提出的一个问题的重复帖子：；我在下面的“回答”/“扩展评论”中给出了一些细节。请看一看。好的，谢谢，事实上我看到了这篇文章，但它是12个月前写的。我问自己，biomart是否会自我更新以捕获这个“错误”（这不是一个真正的错误）。我今天开始使用biomart；我同意你的观点，我可能不会说这是一个错误；我想这可以归结为Biomart如何定义一个

“ensembl\u基因id”

。无论如何，对于不同基因命名系统（Ensembl、Hugo、Entrez、RefSeq等）之间的映射，通常最好使用Bioconductor的

org.*.db

包；Biomart的速度很慢，而且通常不是最新的。

"ENSG00000260727.1", "ENSG00000277521.1", "ENSG00000116514.16"

"ENSG00000260727", "ENSG00000277521", "ENSG00000116514"