R-`try`与捕获所有控制台输出结合使用？

下面是我正在使用的一段代码：

install.package('BiocManager');BiocManager::install('UniProt.ws')
requireNamespace('UniProt.ws')
uniprot_object <- UniProt.ws::UniProt.ws(
  UniProt.ws::availableUniprotSpecies(
    pattern = '^Homo sapiens$')$`taxon ID`)
query_results <- try(
    UniProt.ws::select(
      x = uniprot_object,
      keys = 'BAA08084.1',
      keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
      columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')))

install.package（'biomanager'）；BioManager:：安装（'UniProt.ws'）
requireNamespace（'UniProt.ws'）
uniprot_object正如@Csd所建议的，您可以使用
tryCatch
。您要查找的消息是由R中的
message（）
函数打印的，而不是
stop（）
，因此
try（）
将忽略它。要从
message（）
捕获输出，请使用如下代码：

query_results <- tryCatch(
   UniProt.ws::select(
     x = uniprot_object,
     keys = 'BAA08084.1',
     keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
     columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')), 
   message = function(e) conditionMessage(e))

运行此版本时，
query\u results
保持不变（因为后面的错误中止了执行），但会保存消息：

saveMessages
[1] "Getting mapping data for BAA08084.1 ... and ACC\n"                                                    
[2] "error while trying to retrieve data in chunk 1:\n    no lines available in input\ncontinuing to try\n"

基于@user2554330最优秀的答案，我构建了一个丑陋的东西，它完全符合我的要求：

尝试执行该语句
不要致命地失败
不要留下丑陋的信息
允许我访问
错误
s和
消息
s
这就是它卑鄙的荣耀：

  saveMessages <- c()
  query_results <- suppressMessages(
    withCallingHandlers(
      try(
        UniProt.ws::select(
          x = uniprot_object,
          keys = 'BAA08084.1',
          keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
          columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')),
        silent = TRUE),
      message = function(e)
        saveMessages <<- c(saveMessages, conditionMessage(e))))

saveMessages您是否尝试过“tryCatch”功能？通常比“尝试”效果更好。真的很酷-正确的轨道。现在，即使出现错误（如尝试），如何继续？请根据您出色的观察结果，查看下面关于丑陋构造的答案。我不会称之为“丑陋”。您希望对消息和错误执行两种不同的操作：保存前者但继续计算，停止计算但为后者保存消息。因此，您确实需要两个函数：用于错误的
try（）
或
tryCatch（）
，以及用于消息的
with callinghandlers
。
saveMessages
[1] "Getting mapping data for BAA08084.1 ... and ACC\n"                                                    
[2] "error while trying to retrieve data in chunk 1:\n    no lines available in input\ncontinuing to try\n"

  saveMessages <- c()
  query_results <- suppressMessages(
    withCallingHandlers(
      try(
        UniProt.ws::select(
          x = uniprot_object,
          keys = 'BAA08084.1',
          keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
          columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')),
        silent = TRUE),
      message = function(e)
        saveMessages <<- c(saveMessages, conditionMessage(e))))