在R中标记NMDS图
[在此处输入图像描述][1] 我对素食套餐中的metaMDS和ordiplot有问题。我是新来的,所以我不能想出一个超华而不实的例子 使用ordiplot,我想根据类型(a、B、C、D、E组)标记图。我有一个数据框“df”,其中有一列绘图名称和一列类型。我不再在乎是用颜色还是用不同类型的点来说明类型。 我最基本的例子是:在R中标记NMDS图,r,graphics,vegan,R,Graphics,Vegan,[在此处输入图像描述][1] 我对素食套餐中的metaMDS和ordiplot有问题。我是新来的,所以我不能想出一个超华而不实的例子 使用ordiplot,我想根据类型(a、B、C、D、E组)标记图。我有一个数据框“df”,其中有一列绘图名称和一列类型。我不再在乎是用颜色还是用不同类型的点来说明类型。 我最基本的例子是: data(dune) data(dune.env) dist.dune<-distShell(dune, distSimRatio) ord<-metaMDS(di
data(dune)
data(dune.env)
dist.dune<-distShell(dune, distSimRatio)
ord<-metaMDS(dist.dune)
metaMDS(comm=dune)
plot(ord, type="n")
colfactor<-factor(dune.env$Management)
points(ord, display="sites", cex=2, pch=21, col=c(1,2,3,4,5)[colfactor])
text(ord, display="sites", cex=2, col=c(1,2,3,4,5)[colfactor])
数据(沙丘)
数据(沙丘环境)
dist.dune请您制作一个可复制的示例,也许可以使用dune
数据集。我们确实需要更多细节。我可以用vegan中的dune
数据运行您的示例代码。我只能猜出什么地方出了问题。这里有一些猜测:您的数据中有错误(很可能在df$type
中)?您的nmds
不是metaMDS
结果对象?我更正了上一篇文章以提供完整的更新。如果您使用因子作为col
,其内部数值将用作当前调色板()的颜色。检查您从levels(colfactor)
或as.numeric(colfactor)
获得的内容,以及与调色板的输出进行比较的方式。如果变量是文本,它应该以R接受的某种形式给出颜色(值为colors()
或colors()
或作为RGB代码)。。。。我说的文字是指文字。因子不被视为文本,但它们将被转换为具有级别内部顺序的数字。因此,请您制作一个可复制的示例,也许可以使用dune
数据集。我们确实需要更多细节。我可以用vegan中的dune
数据运行您的示例代码。我只能猜出什么地方出了问题。这里有一些猜测:您的数据中有错误(很可能在df$type
中)?您的nmds
不是metaMDS
结果对象?我更正了上一篇文章以提供完整的更新。如果您使用因子作为col
,其内部数值将用作当前调色板()的颜色。检查您从levels(colfactor)
或as.numeric(colfactor)
获得的内容,以及与调色板的输出进行比较的方式。如果变量是文本,它应该以R接受的某种形式给出颜色(值为colors()
或colors()
或作为RGB代码)。。。。我说的文字是指文字。因子不被视为文本,但它们将被转换为具有级别内部顺序的数字。所以cf