R 肠型主成分分析图

我正在尝试创建一个肠型图。我跟在后面。我的问题是如何给

s.class

中的因子上色。我试过了

points(obs.bet$ls[,xax], obs.bet$ls[,yax], col=rainbow(length(unique(design$BF))),cex=1,pch=16)

但是这些颜色并不适合这些因素。 这个链接中还有一个问题数据使用了

k=3

集群，但是我想使用

k=2

但是我得到了一个错误。期待回复

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谢谢

我也面临同样的问题。 我终于明白了。因为您最好的K集群是2，所以您应该键入

data.cluster=pam.clustering(data.dist, k=2)

在键入BCA绘图之前。

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希望能有所帮助。

请让问题重现（想象链接失效）并更加具体。什么包被称为？什么数据集？在您的代码行之前，它们是如何操作的？预期的结果是什么？另外，试着在每篇文章中保留一个问题。谢谢你的回复。我正在处理大量的属级数据#被调用的包是clusterSim和ade4 1。读取文件后，我使用Jensen-Shannon距离对样本进行聚类

data.dist=dist.JSD（data）

2。然后，使用围绕medoids的分区函数对丰度剖面进行聚类

data.cluster=pam.clustering（data.dist，k=3）

（obs.bet$ls[，xax]，obs.bet$ls[，yax]，col=rainbow（长度（唯一（设计$性别））），cex=1，pch=16）#######第三个错误/错误不基于因子对样本着色意味着$gender在添加重要信息时，您应该编辑原始问题，而不是将信息转储到注释中。阅读一些关于如何共享部分数据以使您的问题具有可复制性的提示。