Genbank查询（package seqinr）：在序列描述中搜索

我正在使用package

sekinr

的函数

query（）

从Genbank下载肌红蛋白DNA序列。例如：

query("myoglobins","K=myoglobin AND SP=Turdus merula")

不幸的是，对于我正在寻找的很多物种，我根本没有得到任何序列（或者对于这个物种，只有一个很短的序列），即使我在网站上手动搜索时找到了序列。这是因为只在关键字中搜索“肌红蛋白”，而通常没有任何条目。通常蛋白质类型只在名称中指定（“Genbank上的定义”），但我不知道如何搜索它。

query（）

上的帮助页面在细节中似乎没有提供任何选项，没有任何“K=”的“通用搜索”不起作用，我也没有通过谷歌搜索找到任何东西

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我很乐意提供任何链接、解释和帮助。谢谢！：）

seqinr包有一个完整的手册，在第5章（可在上获得）中更深入地描述了查询语言。我试着做一个类似的查询，很多基因/CD的描述都是空白的，所以当使用k=选项进行搜索时，它们不会出现。另一种方法是单独搜索该生物体，然后匹配单个注释中的基因名称，并提取登录号，然后使用该登录号重新查询数据库中的序列

这将引出第一个基因的注释：

choosebank("emblTP")
 query("ACexample", "sp=Turdus merula")
 getName(ACexample$req[[1]])
 annotations <- getAnnot(ACexample$req[[1]])
 cat(annotations, sep = "\n")

选择银行（“emblTP”）
查询（“例如”，“sp=Turdus merula”）
getName（例如$req[[1]]）
注释