在R中使用qgraph包时删除图中具有非有限边权重的节点

我想在网络上查看我的数据中的关系，并使用了qgraph软件包，使用了我的数据，组合。数据。作为输入传递的数据的相关性有很多NA值。我用来获取网络图的命令是

   qgraph(cor(combined.data, method="spearman"),layout="spring", groups=gr, labels=nm, 
   label.scale=FALSE, label.cex=1) 
   # I chose spearman because the data variables are on ordinal scale

gr是组列表，nm是包含节点标签的向量。 该命令运行良好，但附带警告

  Warning message:
  In qgraph(cor(combined.data, method = "spearman"), layout = "spring",  :
  Non-finite weights are omitted

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网络有很多空边（非有限权重），我想移除具有非有限权重的节点。我尝试设置最小值和最大值参数，但仍然会出现那些冗余节点。如果您对如何实现这一点有任何建议，我们将不胜感激。

您可能缺少相关矩阵中导致

NA

的数据？我总是使用

cor（combined.data，method=“spearman”，use=“pairwise.complete.obs”）

，它不提供

NA

相关性

或者，最简单的方法是更改输入：

foo <- cor(combined.data, method="spearman")
foo[!is.finite(foo)] <- 0
qgraph(foo)

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foo我使用了你的建议，发展是在没有警告的情况下出现图形，但我想去掉那些没有连接边的节点。如何消除（有很多）这些冗余节点？qgraph中没有省略节点的参数。最简单的方法是更改输入。e、 例如，删除相关矩阵中非对角单元格中只有零的所有行和列。