R 如何以规范的方式将as.list扩展到S4对象

我在将S4对象转换回列表时遇到一些问题。例如，以下嵌套的S4类：

setClass("nssItem", 
         representation(value = "numeric", text = "character", prefix = "character", type = "character"),
         prototype(value = as.numeric(NA), text = as.character(NA), prefix = as.character(NA), type = as.character(NA))

         ) 

setClass("geckoNss", representation(absolute = "character", item = "nssItem"))

geckons

类的对象包含

nssItem

类的对象。从概念上讲，这似乎是一个类似列表的结构，允许嵌套

然而

>临时组件列表（临时）
as.list.default（临时）中出错：
没有将此S4类强制为向量的方法

---

我理解这个错误，也就是说，我没有实际定义

as.list

的含义，也没有定义它如何应用于

nssItem

类。尽管如此，这似乎是一个非常自然的操作。如何将

as.list

的定义扩展到我定义的所有新类？

我不确定是否正确理解了您关于“嵌套”的论点，但这里有一些关于如何将

as.list

扩展到

S4

类的代码。正如Alex在评论中指出的，这些实际上是

S3

方法，用于

S4

对象。这同样有效。你可以在这里找到关于这个主题的一个很好的摘要

现在，让我们在

nssItem

对象

temp

上尝试

as.list

（定义见您的帖子）

编辑：我想我现在明白你说的嵌套是什么意思了。执行上述代码后，定义一个新的

geckoNss

对象

tempGecko<-new("geckoNss")

as.list(tempGecko)
#$absolute
#character(0)
#
#$item
#$item$value
#[1] NA
#
#$item$text
#[1] NA
#
#$item$prefix
#[1] NA
#
#$item$type
#[1] NA

现在将

as.list

应用到你的

geckons

对象

tempGecko

as.list(tempGecko)

#$absolute
#character(0)
#
#$item
#$item$value
#[1] NA
#
#$item$text
#[1] NA
#
#$item$prefix
#[1] NA
#
#$item$type
#[1] NA

---

根据下面的Alex评论，这里有一个扩展

As.list

的更通用的方法

#save old function definition (just in case...)
as.list.default.save=as.list.default

定义新的默认方法

as.list.default=function(x) {
  if (class(x)=='list') {
    x
  } else if (class(x)%in%c('nssItem','geckoNss')) {
    mapply(function(slot_name) as.list(slot(x,slot_name)),
           slotNames(class(x)),
           SIMPLIFY=FALSE)
  } else {
    .Internal(as.vector(x, "list"))
  }
}

您仍然需要输入所有用户定义类的向量

c（'nssItem'，'geckons'）

。我还没有找到返回这些类的函数。 结果的格式并不像上面那样好

as.list(temp)

#$value
#$value[[1]]
#[1] NA
#
#
#$text
#$text[[1]]
#[1] NA
#
#
#$prefix
#$prefix[[1]]
#[1] NA
#
#
#$type
#$type[[1]]
#[1] NA

---

这是第二个更普遍的解决方案。它使用从中派生所有用户定义类的超类。说明见

#

注释

#this is an "empty" superclass that characterises all user-defined classes
setClass("user_defined_class")

#we create an as.list method for this new superclass (this time an S4 method)
setMethod("as.list",signature(x="user_defined_class"),function(x) {
  mapply(function(y) {
    #apply as.list if the slot is again an user-defined object
    #therefore, as.list gets applied recursively
    if (inherits(slot(x,y),"user_defined_class")) {
      as.list(slot(x,y))
    } else {
      #otherwise just return the slot
      slot(x,y)
    }
  },
slotNames(class(x)),
SIMPLIFY=FALSE)
})

setClass("nssItem", 
     representation(value = "numeric",
                    text = "character",
                    prefix = "character",
                    type = "character"),
     prototype(value = as.numeric(NA),
               text = as.character(NA),
               prefix = as.character(NA),
               type = as.character(NA)),
     #note the contains argument that flags the nssItem class as user-defined
     contains="user_defined_class")

setClass("geckoNss",
         representation(absolute = "character", item = "nssItem"),
         #the same for the geckoNss class
         contains="user_defined_class")

现在为每个类创建一个对象

temp <- new("nssItem")
tempGecko<-new("geckoNss")

以及

tempGecko

对象

tempGecko<-new("geckoNss")

as.list(tempGecko)
#$absolute
#character(0)
#
#$item
#$item$value
#[1] NA
#
#$item$text
#[1] NA
#
#$item$prefix
#[1] NA
#
#$item$type
#[1] NA

---

谢谢你的回答。让我将

as.list

扩展到这两个对象，并将嵌套的s4对象转换为嵌套的列表，这非常有帮助。我认为同样的解包概念可以扩展到其他新类，但我不想为所有类编写as

as.list

方法。这就是我在问题标题中所说的“canonical”。我还有一个问题，你能用

as.list.

方法定义s4类上的新方法吗？我认为这是一种S3方式来定义method@Alex当R没有找到S4方法时，它使用S3方法（如果可用）。你也可以定义一个S4方法。很好，最新的编辑是把函数放到我想要的地方。我们是否能够使用

rappy

来保留嵌套结构？我也对如何获得所有可用的类感兴趣：@Alex我想我现在找到了一个更好的解决方案。我会在一个单独的答案中发布它。这是一个非常漂亮的解决方案！但是，它依赖于

项

表示为

nssItem类

。这将是一个单独的问题，但我要求

项

表示为

nssItem

的对象列表。

temp <- new("nssItem")
tempGecko<-new("geckoNss")

as.list(temp)
#$value
#[1] NA
#
#$text
#[1] NA
#
#$prefix
#[1] NA
#
#$type
#[1] NA

as.list(tempGecko)
#$absolute
#character(0)
#
#$item
#$item$value
#[1] NA
#
#$item$text
#[1] NA
#
#$item$prefix
#[1] NA
#
#$item$type
#[1] NA