R 将函数的相关输出放入数据帧
随着时间的推移，我对一个群体进行了大量的关联。我已经相应地将它们拆分，并使用lappy将它们放入一个函数中。我想将每个相关性的输出放在一个数据框中（即：每一行都是一个相关性的信息，列有：相关性的名称、p值、t统计、df、CIs和corcoeff） 我有两个问题：R 将函数的相关输出放入数据帧,r,function,loops,dataframe,correlation,R,Function,Loops,Dataframe,Correlation,随着时间的推移，我对一个群体进行了大量的关联。我已经相应地将它们拆分，并使用lappy将它们放入一个函数中。我想将每个相关性的输出放在一个数据框中（即：每一行都是一个相关性的信息，列有：相关性的名称、p值、t统计、df、CIs和corcoeff） 我有两个问题： 我不知道如何提取分割中的相关名称 我可以让我的函数在分割上运行相关（600+相关），但我不能让它打印到数据帧中。澄清一下：当我在没有循环的情况下运行函数时，它会为每个组执行所有600个关联。但是，当我添加循环时，它会为拆分中的所有组生成
> head(Birds) #Shortened for this Post
Location Species Year Longitude Latitude Section Total Percent Family
1 Chiswell A Kittiwake 1976 -149.5847 59.59559 Central 310 16.78397 Gull
BigSplit<-split(Birds,list(Birds$Family, Birds$Location,
Birds$Section,Birds$Species), drop=T) #A list of Dataframes
#Make empty data frame
resultcor <- data.frame(Name = character(),
tvalue = character(),
degreeF = character(),
pvalue = character(),
CIs = character(),
corcoeff = character(),stringsAsFactors = F)
WorkFunc <- function(dataset) {
data.name = substitute(dataset) #Use "dataset" as substitute for actual dataset name
#Correlation between Year and population Percent
try({
correlation <- cor.test(dataset$Year, dataset$Percent, method = "pearson")
}, silent = TRUE)
for (i in 1:nrow(resultcor)) {
resultcor$Name[i] <- ??? #These ??? are not in the code, just highlighting Issue 1
resultcor$tvalue[i] <- correlation$dataset$statistic
resultcor$degreeF[i] <- correlation$dataset$parameter
resultcor$pvalue[i] <- correlation$dataset$p.value
resultcor$CIs[i] <- correlation$dataset$conf.int
resultcor$corcoeff[i] <- correlation$dataset$estimate
}
}
lapply(BigSplit, WorkFunc)
>head（Birds）#本帖简称
位置物种年经纬度剖面总百分比科
1 Chiswell A Kittiwake 1976-149.5847 59.59559中部310 16.78397海鸥
BigSplit考虑使用Map
（mappy的变体mappy
）在这里传递BigSplit的元素和名称。使用Map
将输出数据帧列表，然后可以使用do.call（）
在末尾进行行绑定。下面假设BigSplit是一个命名列表
WorkFunc <- function(dataset, dataname) {
# Correlation between Year and population Percent
tryCatch({
correlation <- cor.test(dataset$Year, dataset$Percent, method = "pearson")
CIs <- correlation$conf.int
return(data.frame(
Name = dataname,
tvalue = correlation$statistic,
degreeF = correlation$parameter,
pvalue = correlation$p.value,
CI_lower = ifelse(is.null(CIs), NA, CIs[[1]]),
CI_higher = ifelse(is.null(CIs), NA, CIs[[2]]),
corcoeff = correlation$estimate
)
)
}, error = function(e)
return(data.frame(
Name = character(0),
tvalue = numeric(0),
degreeF = numeric(0),
pvalue = numeric(0),
CI_lower = numeric(0),
CI_higher = numeric(0),
corcoeff = numeric(0)
)
)
)
}
# BUILD CORRELATION DATAFRAMES INTO LIST
cor_df_list <- Map(WorkFunc, BigSplit, names(BigSplit))
cor_df_list <- mapply(WorkFunc, BigSplit, names(BigSplit), SIMPLIFY=FALSE) # EQUIVALENT
# ROW BIND ALL DATAFRAMES TO FINAL LARGE DATAFRAME
finaldf <- do.call(rbind, cor_df_list)
WorkFunc考虑使用Map
（mappy的变体mappy
）传递bigspilt的元素和名称。使用Map
将输出数据帧列表，然后可以使用do.call（）
在末尾进行行绑定。下面假设BigSplit是一个命名列表
WorkFunc <- function(dataset, dataname) {
# Correlation between Year and population Percent
tryCatch({
correlation <- cor.test(dataset$Year, dataset$Percent, method = "pearson")
CIs <- correlation$conf.int
return(data.frame(
Name = dataname,
tvalue = correlation$statistic,
degreeF = correlation$parameter,
pvalue = correlation$p.value,
CI_lower = ifelse(is.null(CIs), NA, CIs[[1]]),
CI_higher = ifelse(is.null(CIs), NA, CIs[[2]]),
corcoeff = correlation$estimate
)
)
}, error = function(e)
return(data.frame(
Name = character(0),
tvalue = numeric(0),
degreeF = numeric(0),
pvalue = numeric(0),
CI_lower = numeric(0),
CI_higher = numeric(0),
corcoeff = numeric(0)
)
)
)
}
# BUILD CORRELATION DATAFRAMES INTO LIST
cor_df_list <- Map(WorkFunc, BigSplit, names(BigSplit))
cor_df_list <- mapply(WorkFunc, BigSplit, names(BigSplit), SIMPLIFY=FALSE) # EQUIVALENT
# ROW BIND ALL DATAFRAMES TO FINAL LARGE DATAFRAME
finaldf <- do.call(rbind, cor_df_list)
WorkFunc查看包broom
它为您完成所有这些。在哪里进行拆分？请出示密码。我无法将其打印到数据框中…请解释发生了什么。什么是BigSplit，一个数据帧列表？@Parfait为了清晰起见，我对其进行了编辑。是，拆分数据帧列表。Thanks@sinQueso扫帚包正是我想要的，有没有添加“数据名”的方法作为其中一列，然后用函数将它们全部添加到一起？@LearningTheMacros查看本书章节，它介绍了您试图签出的程序包扫帚
它为您完成所有这些。拆分在哪里进行？请出示密码。我无法将其打印到数据框中…请解释发生了什么。什么是BigSplit，一个数据帧列表？@Parfait为了清晰起见，我对其进行了编辑。是，拆分数据帧列表。Thanks@sinQueso扫帚包正是我想要的，有没有办法添加“数据名”作为列之一，然后用一个函数将它们全部添加到一起？@LearningTheMacros查看本书的这一章，它介绍了您试图做的事情我遵循了这段代码，但我似乎得到了这个错误：error in data.frame（Name=dataname，tvalue=correlation$statistic，degreeF=correlation$parameter，：参数表示不同的行数：1，0另外：警告消息：1:在data.frame中（Name=dataname，tvalue=correlation$statistic，degreeF=correlation$parameter，：行名称是从短变量中找到的，已被丢弃2:在data.frame中（Name=dataname，tvalue=correlation$statistic，degreeF=correlation$parameter，：行名称是从一个短变量中找到的，已被丢弃。我忘记在data.frame（）中为单独的值添加逗号
。哦，不，我也遇到了这个错误，但我理解并添加了逗号，这个错误是在添加了逗号之后出现的。请参阅更新。CI实际上是一个包含两个较低和较高列的列表。我添加了这样的列。另一个原因也可能是关联失败。我注意到您使用了try
。我添加了tryCatch（）
返回错误时的空数据帧。拆分dfs可能只有一行！我遵循了此代码，但似乎遇到了以下错误：data.frame中的错误（Name=dataname，tvalue=correlation$statistic，degreeF=correlation$parameter，：参数表示不同的行数：1，0另外：警告消息：1:in data.frame（Name=dataname，tvalue=correlation$statistic，degreeF=correlation$parameter，：行名称是从短变量中找到的，已被丢弃2:在data.frame中（Name=dataname，tvalue=correlation$statistic，degreeF=correlation$parameter，：行名称是从一个短变量中找到的，已被丢弃。我忘记在data.frame（）中为单独的值添加逗号
。哦，不，我也遇到了这个错误，但我理解并添加了逗号，这个错误是在添加了逗号之后出现的。请参阅更新。CI实际上是一个包含两个较低和较高列的列表。我添加了这样的列。另一个原因也可能是关联失败。我注意到您使用了try
。我添加了tryCatch（）
返回错误时的空数据帧。拆分dfs只能有一行！