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R 纯素食套餐。metaMDS错误

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R 纯素食套餐。metaMDS错误,r,vegan,R,Vegan,我想知道为什么运行metaMDS时出现此错误： “comm”具有负数据：“自动转换”、“无共享”和“wascores”设置为FALSE 我想做nmd和密度分布图，但可以用上面的错误来做 如果有人想查看，我的数据集可以下载。导入数据后，我对列和行进行了换位。之后，在尝试运行metaMDS之前，我将NA值替换为O abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE) abundance[is.na(a

我想知道为什么运行metaMDS时出现此错误：

“comm”具有负数据：“自动转换”、“无共享”和“wascores”设置为FALSE

我想做nmd和密度分布图，但可以用上面的错误来做

如果有人想查看，我的数据集可以下载。导入数据后，我对列和行进行了换位。之后，在尝试运行metaMDS之前，我将NA值替换为O

    abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)        
    abundance[is.na(abundance)] <- 0
    abundance_trans <- t(abundance)
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50)
丰富
  • 这不是一条错误消息，而是一条信息：
    metaMDS
    告诉您有负面数据条目，并且它不会像默认情况下对非负面数据那样使用一些技巧
  • 第二个问题是，您要求提供仅适用于非负面数据的Bray Curtis差异
    • 您有两种选择：要么处理负值，要么使用无法处理它们的相异性度量。如果你认为自己没有负面数据，那你就错了：计算机知道。您在读取数据时可能会出错，并且可能有不应包含的列或行。检查您的数据