R 使用ggplot2的图形
我在尝试使用ggplot2软件包时遇到问题。我得到的所有图表都是空的R 使用ggplot2的图形,r,ggplot2,R,Ggplot2,我在尝试使用ggplot2软件包时遇到问题。我得到的所有图表都是空的 ggplot(data=dataa,aes(x=Description, y=RPKM,fill=Condition)) + geom_bar(position="dodge",stat="identity") dataa是一个更大的数据帧,如下所示: Description Tissue Condition RPKM re brain obese 34 re1
ggplot(data=dataa,aes(x=Description, y=RPKM,fill=Condition)) +
geom_bar(position="dodge",stat="identity")
dataa
是一个更大的数据帧,如下所示:
Description Tissue Condition RPKM
re brain obese 34
re1 brain Fit 23
re2 brain Slim 67
知道我做错了什么吗
我拥有的真实数据:
Description Tissue Condition RPKM
peptidase Brain Obese 0.5
protein Brain Obese 1.4
Glucagon Brain Fit 0.06
kinase Brain Fit 0.9
transporter Brain Obese 4.8
Secretogran Brain Slim 87.2
脚本:
tissues<-factor(unique(RPKMl123upslim$Tissue))
for (n in 1:6) {
i=c(0,108,216,324,432,540)
#datos<-data.frame(RPKMl123upslim[(i[n]+1):(i[n]+108),])
View(datos)
ggplot(data=datos,aes(x=Description, y=Expression,fill=Condition)) +
geom_bar(position="dodge",stat="identity", colour="black",las=2)
path100<-file.path("pajarito",paste("Lupslimrpkm_",tissues[n],".jpg", sep=" "))
jpeg(file=path100)
dev.off()
}
组织库(ggplot2)
dataa感谢您的帮助,现在我想与大家分享成功的代码:
dev.set(dev.prev())
#dev.new(width=10, height=12)
path100<-file.path("D:","final.results",paste("skin005",".png", sep=" "))
png(file=path100, width=1000, height=10000, res=100)
plot(1:100)
attach(skin005RPKMS) #previous data frame with all information
q<-skin005RPKMS[(Skin.Obese > Skin.Fit) & (Skin.Obese > Skin.Slim),]
colnames(q)<-c("Description","Skin.Slim","Skin.Fit","Skin.Obese")
q1<-melt(q,id.vars="Description") #variable contain the different condition of the experiment and value the data.
p <- ggplot(q1, aes(y=Description,x=variable))+ geom_tile(aes(fill=value)) + scale_fill_gradientn(colours=c("white","azure2","yellow","blue","orchid","orange red","red","black"), values=rescale(c(0,1,10,50,100,500,1000,4500)), guide="colorbar") + xlab("Condition") + ylab("Genes")
print(p)
dev.off()
dev.set(dev.prev())
#新开发(宽度=10,高度=12)
path100皮肤。苗条),]
colnames(q)哦,谢谢你的用户名2673238;但问题是我使用的是一个从文本文件导入的数据框,我不知道为什么我的图仍然是空的。嗯,你能给出一些示例数据吗?。或者弄清楚你得到的是哪种类型的数据<代码>类型(数据A$RPKM)
例如。描述组织状况RPKM肽酶脑肥胖0.5蛋白质脑肥胖1.4胰高血糖素脑适配0.06激酶脑适配0.9转运蛋白脑肥胖4.8分泌型脑瘦身87.2脚本:组织扫描你包括一些样本数据,分离并显示你的问题?当然我已经在原始问题中添加了谢谢用户2673238只是你的文件是空的吗?因为您jpeg()
启动一个文件,而dev.off()
关闭该文件。由于中间没有代码行,因此不能在文件中放入任何内容。如果您print()。或者去掉jpeg()
和dev.off()
,改用ggsave()
。
dev.set(dev.prev())
#dev.new(width=10, height=12)
path100<-file.path("D:","final.results",paste("skin005",".png", sep=" "))
png(file=path100, width=1000, height=10000, res=100)
plot(1:100)
attach(skin005RPKMS) #previous data frame with all information
q<-skin005RPKMS[(Skin.Obese > Skin.Fit) & (Skin.Obese > Skin.Slim),]
colnames(q)<-c("Description","Skin.Slim","Skin.Fit","Skin.Obese")
q1<-melt(q,id.vars="Description") #variable contain the different condition of the experiment and value the data.
p <- ggplot(q1, aes(y=Description,x=variable))+ geom_tile(aes(fill=value)) + scale_fill_gradientn(colours=c("white","azure2","yellow","blue","orchid","orange red","red","black"), values=rescale(c(0,1,10,50,100,500,1000,4500)), guide="colorbar") + xlab("Condition") + ylab("Genes")
print(p)
dev.off()