如何解决'；保护堆栈溢出'；R工作室中的问题

我正在尝试使用glmnet包构建模型，但在运行以下行时出现以下错误：

#library('glmnet')
x = model.matrix(response ~ ., data = acgh_frame[,c(3:ncol(acgh_frame))])

Error: protect(): protection stack overflow

我知道这是因为我在数据帧中有大量变量（26k+）。当我使用较少的变量时，错误不会显示。我知道如何在命令行R中解决这个问题，但我需要留在R studio中，所以我想从R studio中修复它。 那么，我该怎么做呢？

@Ansjovis86

您可以将ppsize指定为Rstudio的命令行参数

rstudio.exe --max-ppsize=5000000

您还可以通过

.Rprofile

设置表达式选项，或在运行时使用

选项（expressions=5e5）

命令设置表达式选项

> options(expressions = 5e5)
>?options

表达方式：

设置要计算的嵌套表达式的数量限制。有效值为25…500000，默认值为5000。如果您增加它，您可能还想用一个更大的保护堆栈启动R；请参阅--内存中的最大ppsize。还要注意的是，您可能会因为C堆栈溢出而导致SEGFULT，在可能的操作系统上，您可能希望增加该值。一旦达到限制，就会抛出一个错误。通过调用

Cstack\u info

可以找到当前正在评估的号码

Cstack_info() - to determine current setting.s

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根本原因是

model.matrix

函数，它将1）使用大量内存；2）对于足够多的列，抛出此错误

尝试使用我的glmnetUtils包，它将解决这两个问题。它不是一次性建立模型矩阵，而是逐项进行；而且它也不尝试计算庞大的公式。这要快得多，而且不会有炸毁堆栈的风险

install.packages("glmnetUtils")
library(glmnetUtils)
glmnet(response ~ ., data = acgh_frame[3:ncol(acgh_frame)])

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使用PCR或PLSR减少列数

使用“命令行R”时，您的解决方案是什么？用以下参数开始R：R--max ppsize 500000所以，您实际的问题是如何在RStudio中设置命令行选项？或者可能是如何从R内或感兴趣的函数内指定这些选项。是的。对罗兰来说，是的，如果可能的话……我可以用这个来拟合决策树吗？