有没有一种方法可以合并R中同一GRange对象中的重叠数据间隔?
我有一个GRange对象,它有很多范围,其中一些重叠。我想做的是,如果间隔在一定距离内,比如说10000,那么将这两个间隔合并 我曾尝试将其转换为数据帧和IRange,并以这种方式处理数据,但我没有得到任何积极的结果,我不知道如何继续有没有一种方法可以合并R中同一GRange对象中的重叠数据间隔?,r,merge,R,Merge,我有一个GRange对象,它有很多范围,其中一些重叠。我想做的是,如果间隔在一定距离内,比如说10000,那么将这两个间隔合并 我曾尝试将其转换为数据帧和IRange,并以这种方式处理数据,但我没有得到任何积极的结果,我不知道如何继续 chrC[1] GRangesList object of length 1: $chr1 GRanges object with 338 ranges and 2 metadata columns: seqnames
chrC[1]
GRangesList object of length 1:
$chr1
GRanges object with 338 ranges and 2 metadata columns:
seqnames ranges strand | name score
<Rle> <IRanges> <Rle> | <character> <numeric>
[1] chr1 2263697-2280639 + | chr1-153498 1
[2] chr1 2651953-2656424 + | chr1-37327 1
[3] chr1 6054865-6102062 + | chr1-144080 1
[4] chr1 6305350-6315334 + | chr1-135452 1
[5] chr1 6316152-6361724 + | chr1-111563 1
... ... ... ... . ... ...
[334] chr1 246213308-246216778 + | chr1-136958 1
[335] chr1 246218115-246221509 + | chr1-127346 1
[336] chr1 246959265-246960153 + | chr1-147672 1
[337] chr1 247387279-247394255 + | chr1-115115 1
[338] chr1 248871488-248874386 + | chr1-93112 1
-------
seqinfo: 24 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
chrC[1]
长度为1的GrangeList对象:
$chr1
GRanges对象具有338个范围和2个元数据列:
seqnames范围strand |姓名分数
|
[1] chr1 2263697-2280639+| chr1-153498 1
[2] chr1 2651953-2656424+| chr1-37327 1
[3] chr1 6054865-6102062+| chr1-144080 1
[4] chr1 6305350-6315334+| chr1-135452 1
[5] chr1 6316152-6361724+| chr1-111563 1
... ... ... ... . ... ...
[334]chr1 246213308-246216778+| chr1-136958 1
[335]chr1 246218115-246221509+| chr1-127346 1
[336]chr1 246959265-246960153+| chr1-147672 1
[337]chr1 247387279-24739425+| chr1-115115 1
[338]chr1 248871488-248874386+| chr1-93112 1
-------
seqinfo:24个来自未指定基因组的序列;没有长度
这将是GRange对象。例如,我想将[4]和[5]合并为一个时间间隔。尝试
reduce(chrC[1])
从这里开始:我个人只合并了一个日期内的重叠时间值。这篇文章可能是相关的-也许-你能发布一个你转换后获得的数据帧的dput
输出吗?