R-[DESeq2]-从已规范化计数的csv生成DESeq数据集对象

R-[DESeq2]-从已规范化计数的csv生成DESeq数据集对象,r,R,我试图在数据的元分析中使用DESeq2的PCAPlot函数 我收到的大多数文件都是标准化前的原始计数。然后我运行DESeq2使它们正常化,然后运行PCAPlot 我收到的其中一个文件没有原始计数,甚至没有FASTQ文件,只有已经由DESeq2规范化的数据 在数据(非整数)已被规范化之后,我如何将其作为DESeqDataSet对象导入?在vignettes和其他评论中的共识似乎是,对象只能由整数矩阵构造 我最关心的是在不同的情节之间获得相同的格式。最终,我只是通过ggfortify使用了一种变通方

我试图在数据的元分析中使用DESeq2的PCAPlot函数

我收到的大多数文件都是标准化前的原始计数。然后我运行DESeq2使它们正常化,然后运行PCAPlot

我收到的其中一个文件没有原始计数,甚至没有FASTQ文件,只有已经由DESeq2规范化的数据


在数据(非整数)已被规范化之后,我如何将其作为DESeqDataSet对象导入?

在vignettes和其他评论中的共识似乎是,对象只能由整数矩阵构造

我最关心的是在不同的情节之间获得相同的格式。最终,我只是通过ggfortify使用了一种变通方法,使情节看起来相同

如果有人好奇的话,我就这么做了。注意,“names”文件的组织方式与colData的元文件类似,用于从DESeqDataSetFrom Matrix构建DESeq对象,但我将设计列的名称从“conditions”更改为“group”,以便与PCAplot的输出相匹配。应该看起来一模一样

library(ggfortify)

data<-read.csv('COUNTS.csv',sep = ",", header = TRUE, row.names = 1)

names<-read.csv("NAMES.csv")

PCA<-prcomp(t(data))

autoplot(PCA, data = names, colour = "group", size=3)

库(ggfortify)

dataBetter将此迁移到我想。明白。我只是重新发布它还是有迁移功能?