GEOquery库中的sql查询
我正试图从GeoDB下载所有关于“乳腺癌细胞系时间序列基因表达谱”实验的条目。我正在使用GEOquery R包,我提交的查询如下:GEOquery库中的sql查询,r,R,我正试图从GeoDB下载所有关于“乳腺癌细胞系时间序列基因表达谱”实验的条目。我正在使用GEOquery R包,我提交的查询如下: > sql <- paste("SELECT DISTINCT gse.title,gse.gse", "FROM", " gsm JOIN gse_gsm ON gsm.gsm=gse_gsm.gsm", " JOIN gse ON gse_gsm.gse=gse.gse",
> sql <- paste("SELECT DISTINCT gse.title,gse.gse", "FROM",
" gsm JOIN gse_gsm ON gsm.gsm=gse_gsm.gsm",
" JOIN gse ON gse_gsm.gse=gse.gse",
" JOIN gse_gpl ON gse_gpl.gse=gse.gse",
" JOIN gpl ON gse_gpl.gpl=gpl.gpl", "WHERE",
" gsm.molecule_ch1 like '%total RNA%' AND",
" gse.title LIKE '%breast cancer cell lines time series gene expression profiles%' AND",
" gpl.organism LIKE '%Homo sapiens%'", sep = " ")
>rs <- dbGetQuery(con, sql)
您的查询将查找子字符串
乳腺癌细胞系时间序列基因表达谱
:
单词必须完全按照这个顺序出现,中间没有任何内容。
例如,您可以尝试拆分它(可能需要进一步拆分):
对于某些数据库,如
区分大小写:
在这种情况下,
ILIKE
可能更可取。嗯,我认为这个问题将在biostar stackexchange中利用更多的能量。它与R关系不大,而与特定的数据库关系很大。
gse.title LIKE '%breast cancer cell lines%'
AND gse.title LIKE '%time series%'
AND gse.title LIKE '%gene expression profiles%'